Nature de la formation :
Diplôme national

Crédits ECTS :
120

Parcours :
  • Analyse et modélisation des données

Langue(s) d'enseignement :
Français
Anglais

Modalité(s) de la formation :
Formation en présentiel

Lieu(x) de la formation :
AUBIERE

Pièce(s) jointe(s) à télécharger :
Télécharger la plaquette de la formation

Présentation

Objectifs de la formation

Le master mention Bioinformatique de l'Université Clermont Auvergne a pour objectif de former des biologistes à l'interface biologie / informatique / statistique. Les personnes ainsi formées seront capables de dialoguer avec informaticiens et biologistes pour accompagner ces derniers dans l'exploration de données biologiques dans un contexte de haut débit en utilisant des ressources de calcul adaptées.

Ainsi la formation dispensée dans le master vise à l'acquisition de compétences en manipulation, traitement et analyse de données massives en sciences de la vie, incluant l’acquisition des connaissances fondamentales et des compétences opérationnelles liées à l’interprétation de ce type de données, à travers des enseignements de biologie, de bioinformatique, d’informatique et de statistiques disciplinaires et / ou  appliqués à la biologie. Ce master se distingue par un couplage fort entre biologie et informatique orienté vers le développement de Web-services et l’usage de ressources de calcul distribuées notamment pour le traitement de données de NGS.

Le master mention bioinformatique forme ainsi aux métiers de l’ingénierie d'étude (ingénieur d'étude, chargé d'étude, chargé de mission) en analyse de données biologiques, modélisation, gestion des données, ingénieurie en recherche et développement en cycle de formation +5. Il offre également la possibilité de poursuivre en doctorat dans le domaine de sciences de la vie, agronomique, environnement, santé et dans une moindre mesure en sciences pour l'ingénieur sur des aspects d'analyse de données à haut débit et de modélisation des systèmes biologiques.

Organisation de la formation

Le master mention Bioiformatique est une formation en 2 ans orientée vers l'analyse et le traitement de données biologiques. La première année est dédiée à l'acquisition des fondamentaux en biologie, informatique et statistiques, ainsi que la maîtrise des outils et des méthodes de la bioinformatique. La seconde année permet une spécialisation dans l'intégration et le traitement de gros volumes de données.

Ce master est constitué d'un unique parcours "Analyse et Modélisation des données", mais présente des mutualisations avec les masters mentions Biologie-Santé, Microbiologie, Biologie végétale, Informatique et Mathématiques appliquées et Statistiques. Les enseignements disciplinaires fondamentaux sont assurés par des enseignants et intervenants du monde socio-professionnel experts des domaines de la bioinformatique, génomique et post-génomique. Les UE optionnelles sont proposées par les différentes mentions partenaires. Cette organisation permet aux étudiants une immersion dans des environnements disciplinaires spécifiques (biologie / informatique / mathématique) et la garantie d'un enseignement assuré par des spécialistes dans chacune des disciplines abordées.

Competences et connaissances

Compétences disciplinaires  essentielles  :

  • Concevoir et mettre en œuvre le traitement et l'analyse de données de génomique et post génomique à haut débit
  • Développer un environnement de travail (bio)informatique pour la gestion, l'organisation et le traitement de gros volumes de données (choix des outils, développement de chaînes de traitements)
  • Concevoir et mettre en œuvre les outils informatiques permettant d'organiser, de synthétiser et de visualiser les informations issues de données biologiques hétérogènes
  • Être à l'interface entre les biologistes et les personnes ressources en informatique
  • Développer un regard critique vis à vis des méthodes et des résultats
  • Accompagner le biologiste dans l'interprétation et la synthèse des résultats de traitements bioinformatiques au regard des questions biologiques posées
  • Produire et analyser un document scientifique.

Programme

Analyse et modélisation des données

  • Année M1
  • Semestre 1
    • Contrôle de l'expression des gènes

      18h CM, 12h TD | 3 crédits

    • Bioanalyse en génomique et transcriptomique

      12h CM, 2h TD, 16h TP | 3 crédits

    • Analyse du protéome et du métabolome

      12h CM, 13h TD, 5h TP | 3 crédits

    • Génétique des populations

      12h CM, 14h TD, 4h TP | 3 crédits

    • Biostatistiques 1

      12h CM, 10h TD, 6h TP | 3 crédits

    • Algorthimique et programmation

      12h CM, 38h TP | 6 crédits

    • Big Data : Base de Données

      10h CM, 10h TP | 3 crédits

    • Anglais

      24h TD | 3 crédits

  • Semestre 2
    • Génomique comparative

      12h CM, 14h TD, 4h TP | 3 crédits

    • Algorithmes bioinformatiques

      14h CM, 6h TD, 10h TP | 3 crédits

    • Programmation sous R, application aux données multivariées

      10h CM, 2h TD, 16h TP | 3 crédits

    • Données NGS et traitements haut débit en flux

      8h CM, 2h TD, 20h TP | 3 crédits

    • Gestion de projet et valorisation

      34h TD, 26h TP | 6 crédits

    • Stage

      3 crédits

  • Année M2
  • Semestre 3
    • Stratégies d'analyse intégrée des génomes

      18h TD | 3 crédits

    • "Omiques intégratives"

      18h CM, 20h TD, 12h TP | 6 crédits

    • Génétique d'association et sélection génomique

      6h CM, 18h TP | 3 crédits

    • Modèles de graphes et réseaux biologiques

      18h CM, 4h TD, 3h TP | 3 crédits

    • Web-services et calculs distribués

      10h CM, 15h TP | 3 crédits

    • Veille scientifique et technologique

      50h TP | 6 crédits

    • Anglais 2

      24h TD | 3 crédits

  • Semestre 4
    • Stage

      30 crédits

Admission

Conditions

Contact Master : scolamaster.sciences@univ-bpclermont.fr - 04.73.40.70.13

Candidature en M1 :

 Les personnes souhaitant reprendre leur études après une expérience professionnelle peuvent faire une demande d'équivalence de diplôme (eg. VAE).

Droits de scolarité

Niveau Master

Et après ?

Les métiers visés

Métiers accessibles aux diplômés du master (intitulés et codes ROME).

  • H1206 Management et ingénierie étude, recherche et développement industriel
  • K2402  Recherche en sciences de l'univers, de la matière et du vivant
  • K2108  Enseignement supérieur

Et selon les choix d'options opérés par les étudiants :

  • M1810 Production et exploitation de systèmes d'informations
  • M1805 Études et développement informatique

 

Secteur(s) d'activités

Le master mention bioinformatique forme aux métiers de l’ingénierie d'étude (ingénieur d'étude, chargé d'étude, chargé de mission) en analyse de données biologiques, modélisation, gestion des données, ingénieur en recherche et développement en cycle de formation +5 dans le domaine de sciences de la vie, agronomique, environnement, santé et dans une moindre mesure en sciences pour l'ingénieur sur des aspects d'analyse de données à haut débit et de modélisation des systèmes biologiques.

Poursuite d'études

Le master mention bioinformatique forme aux métiers de l’ingénierie d'étude, recherche et développement en cycle de formation +5 et offre aux étudiants la possibilité de poursuivre en doctorat dans les domaines de sciences de la vie, agronomique, environnement, santé et dans une moindre mesure en sciences pour l'ingénieur sur des aspects de modélisation des systèmes d'informations biologiques par exemple.

Contacts

Responsable(s)

BRONNER Gisele

Tél : +33473407447

Email : Gisele.BRONNER @ uca.fr

ENAULT Francois

Tél : +33473407471

Email : Francois.ENAULT @ uca.fr

Contact(s) administratif(s)

SABATER Dominique

Tél : +33473405425

Email : Dominique.SABATER @ uca.fr

5 impasse Amélie Murat

TSA 60026 CS 60026

63178 Aubière cedex