graal-medis

UMR 0454 INRA / UCA

Directeur(s)

Directeur/trice de laboratoire

Pierre PEYRET

Directeur Adjoint

Annick BERNALIER-DONADILLE

Coordonnées

INRA site de Theix

, INRA Centre de Recherche Clermont-Ferrand Theix
63122 St-Genes-Champanelle
04-73-17-83-08
www6.clermont.inra.fr/microbiologie/equipes-de-recherche/minhos:L-equipe
CBRV - 5e Etage
BP 38
28, Place Henri Dunant
63001 Clermont-Ferrand
04-73-17-83-08
www6.clermont.inra.fr/microbiologie/equipes-de-recherche/minhos:L-equipe
CBRV - RDC
Place Henri Dunant
28, Place Henri Dunant
63001 Clermont-Ferrand
04-73-17-83-08
www6.clermont.inra.fr/microbiologie/equipes-de-recherche/minhos:L-equipe

Contact

Manon MARTINET
Secrétariat
manon.martinet@uca.fr

Thèmes de Recherche

L’UMR MEDIS regroupe environ 80 personnes (titulaires, CDD, stagiaires) et résulte de la fusion de deux unités : l’UR Microbiologie de l’Inra Theix et l’unité CIDAM (Conception Ingénierie et Développement de l’Aliment et du Médicament) de l’université d’Auvergne. L’UMR MEDIS est localisée sur deux sites géographiques différents : l’Inra de Theix et le site des facultés de médecine et de pharmacie de Clermont-Fd.
La spécificité de l’UMR MEDIS : étudier les grandes fonctions du microbiote intestinal et leurs rôles dans la santé de l’Homme.
3 axes de recherches :
L’axe 1, Microbiote Intestinal et Métabolisme des Aliments et Xenobiotiques (MIMAX), caractérise les fonctions du microbiote en lien avec l’alimentation et la nutrition, notamment le rôle bénéfique de dégradation des fibres et des polyphénols ou délétère de métabolisation des composés méthylés et des xénobiotiques (polluants trouvés au niveau de l’alimentation : qu’il s’agisse de résidus de pesticides, d’autres  polluants environnementaux ou issus des procédés de cuisson). Les bactéries et les archées sont au centre des études. Dans cet axe, le continuum de l’aliment aux fonctions du microbiote est principalement étudié.
L’axe 2, Pathogènes Alimentaires Zoonotiques (PAZ), est dédié aux pathologies infectieuses et au rôle de barrière du microbiote dans la chaîne alimentaire, à la fois au niveau de l’hôte (microbiote intestinal) et de l’aliment (flores technologiques). Les pathogènes principalement étudiés sont les Escherichia coli pathogènes intestinaux, en particulier entéro-hémorragiques, que l’on retrouve tout au long de la chaîne alimentaire. Présents chez le bovin (porteur sain), ils sont retrouvés au niveau des aliments (vecteurs), animaux ou végétaux, et peuvent finalement infecter l’Homme, induisant des pathologies sévères. Un des objectifs de l’unité est d’étudier les comportements et les capacités d’adaptations de ces pathogènes dans toute la chaîne alimentaire, et d’essayer d’en limiter les capacités de propagation à l’Homme.
L’axe 3 explore le dialogue entre le microbiote intestinal et l’hôte, dans le contexte de pathologies digestives fonctionnelles (ex syndrome de l’intestin irritable) ou infectieuses (E. coli) ou de pathologies extra-digestives (ex polyarthrite rhumatoïde). L’objectif des travaux est de mieux comprendre les mécanismes impliqués dans le processus de la physiopathologie étudiée, et en particulier d’identifier le ou les métabolisme (s) microbiens intervenant dans ce dialogue. Des stratégies, combinant l’utilisation de probiotique ou pharmabiotique et des technologies de vectorisation gastrointestinale, permettant de rétablir les perturbations du microbiote et de son métabolisme sont également recherchées afin de pouvoir, à terme, proposer de nouvelles thérapies.
Modèles : animaux à microbiote contrôlé (ou gnotobiotiques), systèmes artificiels digestifs mimant l’ensemble du tractus digestif, organes isolés, cohortes chez l’Homme (études cliniques).
Outils de caractérisation à haut débit des microbiotes avec la plateforme de capture de gènes par hybridation, le stockage et le traitement des données de séquençage au travers de la plateforme de bioinformatique AuBi -Auvergne bioInformatique- et du mésocentre et accès à la plateforme d’exploration du métabolisme (INRA Theix).

 

Composition ( effectif total : 42 )

  • ALRIC Monique -
  • BEYSSAC Erick -
  • BLANQUET-DIOT Stephanie -
  • BRUGERE Jean-Francois -
  • CARDOT Jean-Michel -
  • DE PAIVA LACERDA Suenia -
  • GARRAIT Ghislain -
  • LAINE Emmanuelle -
  • PEYRET Pierre -
  • PEYRETAILLADE Eric -
  • RIMOUR-LANEURY Sebastien -
  • ROMOND Pierre -
  • BERNALIER-DONADILLE Annick -
  • DESVAUX Mickael -
  • FORANO Evelyne -
  • HEBRAUD Michel -
  • JUBELIN Gregory -
  • MOSONI Pascale -
  • TALON Régine -
  • GAUTHIER Pascale -
  • DENIS Sylvain -
  • GAILLARD MARTINIE Brigitte -
  • GASC Cyrielle -
  • LEROY Sabine -
  • CHALANCON Sandrine -
  • ANDANT Carine -
  • BERTIN Yolande -
  • CACCIA Nelly -
  • CHACORNAC Jean Paul -
  • CHAFSEY Ingrid -
  • DANIEL Julien -
  • DELMAS Eve -
  • DE MARTRIN Christophe -
  • DHAINAUT Catherine -
  • DURAND Alexandra -
  • LOPES Maria Gloria -
  • MILESI Sylvie -
  • ROUSSEAU Valerie -

Publications majeures

  • KASpOD - A web service for highly specific and explorative oligonucleotide design.
    Parisot N,Denonfoux J,Dugat-Bony E,Peyret P,Peyretaillade E
    Bioinformatics
    2012; 28(23) : 3161-2
  • Detecting unknown sequences with DNA microarrays: explorative probe design strategies
    Dugat-Bony E,Peyretaillade E,Parisot N,Biderre-Petit C,Jaziri F,Hill D,Rimour S,Peyret P
    Environ Microbiol
    2012; 14(2) : 356-71
  • Efficacy of mucoadhesive microparticles of whey protein and alginate for oral insulin delivery
    Deat-Laine E,Hoffart V,Garrait G,Cardot JM,Beyssac E
    Pharm Res
    2012; 439(1-2) : 136-44
  • Relevance and challenges in modeling human gastric and small intestinal digestion.
    Guerra A,Etienne-Mesmin L,Livrelli V,Denis S,Blanquet-Diot S,Alric M
    Trends Biotechnol
    2012; 30(11) : 591-600
  • Use of artificial digestive systems to investigate the biopharmaceutical factors influencing the survival of probiotic yeast during gastrointestinal transit in humans
    Blanquet-Diot S,Denis S,Chalancon S,Chaira F,Cardot JM,Alric M
    Pharm Res
    2012; 29(6) : 1444-53
  • Annotation of microsporidian genomes using transcriptional signals
    Peyretaillade E,Parisot N,Polonais V,Terrat S,Denonfoux J,Dugat-Bony E,Wawrzyniak I,Biderre-Petit C,Mahul A,Rimour S,Goncalves O,Bornes S,Delbac F,Chebance B,Duprat S,Samson G,Katinka M,Weissenbach J,Wincker P,Peyret P
    Nat Commun
    2012; 16(3) : 1137
  • HiSpOD: probe design for functional DNA microarrays
    Dugat-Bony E,Missaoui M,Peyretaillade E,Biderre-Petit C,Bouzid O,Gouinaud C,Hill D,Peyret P
    Bioinformatics
    2011; 27(5) : 641-8
  • Enteric polymers as acidifiers for the pH-independent sustained delivery of a weakly basic drug salt from coated pellets
    Koerber M,Ciper M,Hoffart V,Pearnchob N,Walther M,Macrae RJ,Bodmeier R
    Eur J Pharm Biopharm
    2011; 78(3) : 447-54
  • Interactions with M cells and macrophages as key steps in the pathogenesis of enterohemorrhagic Escherichia coli infections
    Etienne-Mesmin L,Chassaing B,Sauvanet P,Denizot J,Blanquet-Diot S,Darfeuille-Michaud A,Pradel N,Livrelli V
    PLoS One
    2011; 6(8) : e23594
  • Molecular evaluation of the human gut methanogenic archael microbiota reveals an age-associated increase of the diversity
    Mihajlovski A,Dore J,Levenez F,Alric M,Brugere JF
    Environ Microbiol Rep
    2010; 2 (2) : 272-280
  • Complete genome sequence of Crohn's disease-associated adherent-invasive E. coli strain LF82
    Miquel S,Peyretaillade E,Claret L,De-Vallee A,Dossat C,Vacherie B,Zineb EH,Segurens B,Barbe V,Sauvanet P,Neut C,Colombel JF,Medigue C,Mojica FJ,Peyret P,Bonnet R,Darfeuille-Michaud A
    PLoS One
    2010; 5(9) : e12714
  • Genetically engineered yeasts as a new delivery vehicle of active coumpounds to the digestive tract: in vivo validation of the concept in the rat
    Garrait G,Jarrige JF,Blanquet-Diot S,Alric M
    Metab Eng
    2009; 11 (3) : 148-154
  • Contaneous amitriptyline in human volunteers
    Duale C,Deveau J,Cardot JM,Grand-Boyer A,Schoeffler P,Dubray C
    Anesthesiology
    2008; 108 (4) : 714-721
  • A Clinical Pharmacokinetic Analysis of Tegafur-Uracil (UFT) Plus Leucovorin Given in a New Twice-Daily Oral Administration Schedule.
    Etienne-Grimaldi MC,Francois E,Cardot JM,Renee N,Douillard JY,Gamelin E,Bennouna J,Chateau Y,Milano G
    Clin Pharmacokinet
    2007; 46(11) : 953-963
  • Chronopharmacokinetics of Oral Tegafur and Uracil in Colorectal Cancer Patients.
    Etienne-Grimaldi MC,Cardot JM,Francois E,Renee N,Douillard JY,Gamelin E,Milano G
    Clin Pharmacol Ther
    2007; 83(3) : 413-415

Production scientifique depuis 2013