Microbiologie Environnement Digestif Santé
UMR 0454 / UCA
- Adresse :
- INRAE Site de Theix
, INRAE - Clermont Auvergne Rhône Alpes
63122 SAINT-GENES-CHAMPANELLE
- Tél :
- 04-73-17-83-08
- Sur Internet :
- www6.ara.inrae.fr/medis/
- Adresse :
- CBRV
TSA 50400
28, Place Henri Dunant
63001 CLERMONT-FERRAND
- Tél :
- 04-73-17-83-08
- Sur Internet :
- www6.ara.inrae.fr/medis/
Responsables
- Directeur de laboratoire
- Mickael DESVAUX
- Directrice Adjointe
- Stephanie BLANQUET DIOT
Composition équipe ( effectif total : 56 )
- BEYSSAC Erick -
- BLANQUET DIOT Stephanie -
- ETIENNE MESMIN Lucie -
- GARRAIT Ghislain -
- LAINE Emmanuelle -
- PEYRET Pierre -
- BERNALIER DONADILLE Annick -
- DESVAUX Mickael -
- FORANO Evelyne -
- HEBRAUD Michel -
- JUBELIN Gregory -
- MOSONI Pascale -
- SAPOUNTZIS Panagiotis -
- TALON Regine -
- DEL HOMME Christophe -
- DENIS Sylvain -
- DUNIERE Lysiane -
- DURAND Frederique -
- FADHLAOUI Khaled -
- LEROY Sabine -
- MARRE Sophie -
- BLANCHOT Amelie -
- CHAFSEY Ingrid -
- CHALANCON Sandrine -
- COUTURIER Ingrid -
- DURIF Claude -
- GUILLOT Laurie -
- RUIZ Philippe -
- ANDANT Carine -
- CACCIA Nelly -
- CISSOIRE Arlette -
- DANIEL Julien -
- DANON Jeanne -
- DE MARTRIN Christophe -
- DELMAS Eve -
- DESCHAMPS Charlotte -
- DHAINAUT Catherine -
- DO COUTO Maria Gloria -
- DURAND Alexandra -
- DUTILLOY Stephanie -
- FURELAU MEYNIER Louise -
- GARRIVIER Annie -
- LALLIER Nathalie -
- LEBBAOUI Yacine -
- MAZAL Carine -
- MILESI Sylvie -
- RADECKI Floriane -
- RICHARD Alexandre -
- ROUSSEAU Valerie -
- BELTRAMO Chloe -
- BRON Auriane -
- FAKIH Ibrahim -
- GUILBAUD Justine -
- LEFEVRE Helene -
- O'SULLIVAN Deborah -
- BOUVARD Perrine -
Thèmes de Recherche
L’Unité MEDiS (Microbiologie Environnement Digestif et Santé ; https://www6.ara.inrae.fr/medis/), est une Unité Mixte de Recherche entre INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement) et l'UCA (Université Clermont Auvergne) créée en Janvier 2017. L'UMR454 MEDiS est géographiquement localisée sur deux sites, le site de Theix (Centre de Recherche Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes, 63122 Saint-Genès Champanelle) et le site Dunant (Faculté de Médecine et de Parapharmacie, 63000 Clermont-Ferrand).
L'Unité MEDiS est organisée en mono-équipe et s'articule autour de quatre axes thématiques de recherche interactifs : (i) Pathogènes Alimentaires Zoonotiques (PAZ), avec l'étude de l'écophysiologie des Escherichia coli pathogènes diarrhéiques (DEC), et plus généralement du colibiome et du microbiome associé, ainsi que de listeria monocytogenes, (ii) Fonctions Métaboliques du Microbiote digestif et Dysbioses (FM2D), en particulier avec l'étude d'intrants positifs ou négatifs comme les polyphénols et les xénobiotiques, dans des situations physiologiques ou pathologiques (syndrome de l'intestin irritable et obésité), (iii) GALéniques INNovantes (GALINN) avec le développement de nouvelles stratégies de vectorisation de probiotiques, de prébiotiques ou de substances actives et (iv) INNOvations et développement de modèles in VITRO (INNOVITRO) avec le développement de systèmes digestifs artificiels ou de systèmes de capture de gènes.
Les recherches de l'Unité portent sur l'étude des interactions des microbiotes alimentaires et digestifs de l'animal et de l'Homme avec leur environnement. L'objectif principal des travaux conduits au sein de l'UMR vise à étudier les inter-relations entre micro-organismes intestinaux et alimentation, facteurs environnementaux et/ou agents pathogènes pouvant conduire à différentes situations physio-pathologiques. Il s'agit également de pouvoir proposer des stratégies innovantes permettant de traiter/prévenir les désordres microbiens impliqués dans les états pathologiques étudiés. Le microbiote est ainsi le point central commun aux différents axes de recherche.
L'Unité dispose d'infrastructures expérimentales performantes avec 4 plateaux techniques ; l'Installation Expérimentale Microbiologie (IEM) INRAE, mettant à disposition une animalerie gnotobiotique, le plateau UCA Partner GALBIOPHARM dédié à l'évaluation biopharmaceutique et galénique de composés actifs, le plateau UCA Partner DIGESTIV de simulation de l'environnement digestif humain et animal, le plateau UCA Partner CAPTURE dédié à la capture de gènes. L'Unité a des liens privilégiés avec des plateformes régionales dans lesquelles des scientifiques du MEDiS ont des responsabilités, la plateforme Auvergne Bioinformatique (AuBi), la plateforme d'exploration du métabolisme (PFEM) et la plateforme IRICE PRIMUM (plateforme de recherche intégrative en nutrition et mobilité).
L'UMR MEDiS représente un effectif d'environ 70 personnes dont une quarantaine de titulaires INRAE ou UCA (Directeur de Recheche, Professeur d'Université, Chargé de Recherche, Maître de Conférence Universitaire, Ingénieur de Recherche, Ingénieur d'Etude, Assistant Ingénieur, Technicien de Recherche, Adjoint Technique Principal). Elle accueille régulièrement des doctorants et post-doctorants ainsi que des stagiaires et CDD, représentant en moyenne une quinzaine de contractuels par an. MEDiS accueille et collabore avec des personnels détachés de la société Lallemand, en particulier son Unité d'Affaires Nutrition Animale, avec qui elle développe depuis plus de 25 ans un partenariat de recherche privilégié concernant l'utilisation d'additifs alimentaires pour les animaux d'élevage en lien avec les thèmes FM2D et PAZ.
Publications ( HAL )
- Large intestinal nutritional and physicochemical parameters from different dog sizes reshape canine microbiota structure and functions in vitro
Charlotte Deschamps , Delphine Humbert , Sandrine Chalancon , Caroline Achard , Emmanuelle Apper , Sylvain Denis , Stéphanie Blanquet-Diot - Molecular detection of Listeria monocytogenes from different dairy and street food sources in North Karnataka, India
Roshan Kumar Sharma , Sunil Jalalpure , Swati Pathak , Sachit Ganapathy , Mickaël Desvaux , Subarna Roy , Satisha Hegde - Impact of Dietary Regime and Seasonality on Hindgut’s Mycobiota Diversity in Dairy Cows
Ali Sadek , Bernard Taminiau , Georges Daube , Panagiotis Sapountzis , Frédérique Chaucheyras-Durand , Mathieu Castex , Françoise Coucheney , Djamel Drider - Development of a new antibiotic-induced dysbiosis model of the canine colonic microbiota
Charlotte Deschamps , Emmanuelle Apper , Morgane Brun , Claude Durif , Sylvain Denis , Delphine Humbert , Stéphanie Blanquet-Diot - Activity of Epsilon-poly-L-lysine against Multidrug-Resistant Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumoniae Isolates of Urinary Tract Infections
Telma de Sousa , Carolina Sabença , Miguel Ribeiro , Mario Pino-Hurtado , Carmen Torres , Michel Hébraud , Olimpia Alves , Sara Sousa , Eliana Costa , Gilberto Igrejas , Patrícia Poeta - Proteomic identification of novel adhesins in enterohaemorrhagic Escherichia coli 0157 -- H7 in a strategy of preventing intestinal colonization
Ricardo Monteiro - Impact of Dietary Regime and Seasonality on Hindgut’s Mycobiota Diversity in Dairy Cows
Ali Sadek , Bernard Taminiau , Georges Daube , Panagiotis Sapountzis , Frédérique Chaucheyras-Durand , Mathieu Castex , Françoise Coucheney , Djamel Drider - DeepMPTB: a vaginal microbiome-based deep neural network as artificial intelligence strategy for efficient preterm birth prediction
Oshma Chakoory , Vincent Barra , Emmanuelle Rochette , Loïc Blanchon , Vincent Sapin , Etienne Merlin , Maguelonne Pons , Denis Gallot , Sophie Comtet-Marre , Pierre Peyret - A polyphenol-rich plant extract prevents hypercholesterolemia and modulates gut microbiota in western diet-fed mice
Cédric Langhi , Marie Vallier , Auriane Bron , Yolanda F Otero , Maheva Maura , Florian Le Joubioux , Niek Blomberg , Martin Giera , Bruno Guigas , Thierry Maugard , Benoit Chassaing , Sébastien Peltier , Stéphanie Blanquet-Diot , Jean-Marie Bard , Pascal Sirvent - Microsporidian Genomes Harbor a Diverse Array of Transposable Elements that Demonstrate an Ancestry of Horizontal Exchange with Metazoans.
Nicolas Parisot , Adrian Pelin , Cyrielle Gasc , Valérie Polonais , Abdel Belkorchia , Johan Panek , Hicham El Alaoui , David Georges Biron , Emilie Brasset , Chantal Vaury , Pierre Peyret , Nicolas Corradi , Eric Peyretaillade , Emmanuelle Lerat
Production scientifique depuis 2020
- Forme galénique à base de pulpe de baobab, procédés de préparation et utilisations - 2021
- Modèle dynamique d'étude in vitro de la perméabilité intestinale d'une molécule d'intérêt couplé en continu à un dispositif de dissolution ou de digestion - 2022
- Procédé de détection d'une pathologie - 2023