Laboratoire de Génétique, Diversité, Écophysiologie des Céréales
UMR 1095 / UCA
- Adresse :
- Site Crouël
5, Chemin de Beaulieu
63039 CLERMONT-FERRAND
- Tél :
- + 33 4 43 76 15 34
- Sur Internet :
- www6.clermont.inrae.fr/umr1095/
- Adresse :
- Campus Universitaire des Cézeaux
TSA 60026 - CS 60026
1, Impasse Amélie Murat
63178 AUBIERE
- Tél :
- + 33 4 43 76 15 34
- Sur Internet :
- www6.clermont.inrae.fr/umr1095/
Responsables
- Directeur de laboratoire
- Jerome SALSE
- Directeur Adjoint
- Pierre BARRET
- Directeur Adjoint
- Jacques LE GOUIS
- Directrice Adjointe
- Catherine RAVEL
- Gestionnaire d'unité
- Lucie SAVOCA lucie.savoca@uca.fr
Composition équipe ( effectif total : 88 )
- BONHOMME Ludovic -
- BOUDET Julie -
- MARLIAC Gaelle -
- MOUZEYAR Said -
- PIQUET Agnes -
- ROCHE EYHERAGUIBEL Jane -
- ALLARD Vincent -
- BLANCON Justin -
- BOUCHET Sophie -
- CHARMET Gilles -
- CIVAN Peter -
- LANGIN Thierry -
- LE GOUIS Jacques -
- LECARPENTIER Christophe -
- SAINTENAC Cyrille -
- SALSE Jerome -
- SANO Naoto -
- SOURDILLE Pierre -
- BARRET Pierre -
- BLANCHET Guillaume -
- BOUGUENNEC Annaig -
- CHOULET Frederic -
- GIROUSSE Christine -
- MARIN Pierre -
- OURY Francois Xavier -
- PONCET Charles -
- RAVEL Catherine -
- BANCEL Emmanuelle -
- BARGOIN Kevin -
- BERNARD Stephane -
- BRUN Lea -
- CALVAYRAC Catherine -
- COSTON Amelie -
- DEBITON Clement -
- DENEFLE Michael -
- DHANASEKARAN Padmapriya -
- GAUTIER Veronique -
- LASSERRE ZUBER Pauline -
- LELOUP Fabien -
- NADAUD Isabelle -
- PONT POULET Caroline -
- RANOUX Marion -
- RIMBERT Helene -
- TIXIER LEYRE Patricia -
- OZTURK PALA Hasret -
- ALVAREZ David -
- BARDY Lionel -
- BENEDIT Stephane -
- BERNARD Nathalie -
- BLANC Richard -
- BOYER Delphine -
- BRESSON Amelie -
- CAMBON Florence -
- CARRIAS DELOCHE Marion -
- CONFOLENT Carole -
- DUPUITS Celine -
- FAYE Annie -
- GEORGES Ludovic -
- HUNEAU Cecile -
- JAFFRELO Lydia -
- KITT Jonathan -
- LHOMMET Isabelle -
- MAGNAUDET Julien -
- MARCON Dominique -
- MARTIGNAC Valerie -
- MENECIER Clara -
- MERLINO Marielle -
- PARTIER Anne -
- PERROCHON Sibille -
- PHILIPPE Geraldine -
- ROUGEOL Severine -
- SAUVAT Stephane -
- SAVOCA Lucie -
- TASSY Caroline -
- ADAMIK Larissa -
- AHCHOUCH Fatima Zahra -
- AYILALATH Shimlal -
- BANOUH Meriem -
- BORJAS Aldo -
- DHANASEKARAN Padmapriya -
- DUPONT Maxime -
- FREY Caroline -
- HAQUET Camille -
- MAGLIARASCHI Ninon -
- RODRIGUES DE ARAUJO ALVES CRUZ Laila -
- SANGATA Rosie -
- SIMON Lena -
- UNVERICHT Marie -
Equipes
- Génétique et Recombinaison (GeCO) , Pierre SOURDILLE
- Centre de Ressources Biologiques (CRB) , Francois BALFOURIER
- Cultures des Plantes en Conditions Contrôlées (CPCC) , Stephane BERNARD
- Diversité et Génomes (DiGen) , Etienne PAUX
- La Variance comme source de Stabilité (VISTA) , Vincent ALLARD
- Maladies des céréales (MDC) , Thierry LANGIN
- Paléogénomique et Evolution (PaléoEvo) , Jerome SALSE
- Plateforme de Bioinformatique (BIOINFO) , Frederic CHOULET
- Plateforme de Transgénèse du Blé (ValFon) , Pierre BARRET
- Plateforme de séquençage et genotypage (Gentyane) , Charles PONCET
- Qualité des grains (QualiGrain) , Jacques LE GOUIS
Thèmes de Recherche
L’Unité Mixte de Recherche Génétique Diversité Ecophysiologie des Céréales (UMR 1095 GDEC) associe l’INRAE (Départements scientifiques BAP, AgroEnv, SPE, Centre Clermont Auvergne – Rhône-Alpes) et l’Université Clermont-Auvergne (UFR de Biologie, Collegium « Sciences de la Vie, Santé, Environnement »). Localisée sur le site Inrae de Crouël (Clermont-Fd) et sur le Campus Universitaire des Cézeaux (Aubière), elle compte 80 permanents (68 Inra, 8 UCA, 3 VAS, 1 CNRS) et 30 à 40 non permanents (Doctorants, Post-Doctorants, CDD, visiteurs). Elle est rattachée à l’Ecole Doctorale 65 Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement, et impliquée dans différentes formations, dont le Master de Biologie Végétale Plant Integrative Biology & Breeding (PIBB) et le Master de Microbiologie.
Les projets, développés au sein de 6 équipes de recherche aux thématiques interconnectées, sont focalisés sur le blé tendre, espèce modèle et d’importance agronomique (2ème céréale au niveau mondial). A l’interface entre recherche fondamentale et recherche finalisée, leur objectif commun est l’amélioration de la qualité et du rendement du blé dans un contexte de transition agroécologique et de changements climatiques, avec comme principaux objectifs : (1) Progresser dans la connaissance de la structure, de l’organisation, du fonctionnement et de l’évolution du génome du blé tendre, comprendre la genèse de nouvelles fonctions et/ou l’évolution de fonctions conservées spécifiques au cours de l’histoire évolutive du blé et plus largement des céréales. (2) Décrypter et modéliser les mécanismes moléculaires et physiologiques impliqués dans le contrôle de caractères agronomiques importants tels que rendement, qualité du grain et résistance/tolérance à des stress biotiques (maladies) ou abiotiques (déficience en azote, en soufre, changements climatiques, …). (3) Analyser et valoriser les ressources génétiques, (4) Contribuer au développement de nouveaux outils et méthodes de sélection (Sélection génomique), et intégrer les connaissances acquises dans des modèles pour améliorer l’efficacité de la sélection variétale. Ces projets s’inscrivent dans les objectifs du Challenge 1 « Concevoir et piloter des agroécosystèmes durables dans un contexte de changement global » du projet I-SITE Clermont CAP 20-25.
L’UMR GDEC dispose d’infrastructures expérimentales dotées des équipements les plus récents : Plateforme Stratégique Nationale Gentyane (Séquençage et génotypage haut débit), Plateforme de Validation Fonctionnelle (transgénèse blés, collections de mutants, Genome Editing), Plateforme de production de matériel végétal en conditions contrôlées (enceintes et chambres climatiques, 1300 m2 de serres conventionnelles, 1000 m2 de serres S2), Centre de Ressources Biologiques Céréales à paille (~27000 accessions), Plateforme de Bioinformatique, Service d’Appui (gestion administrative, financière, RH). Les expérimentations en plein champ sont réalisées en collaboration avec l’Unité Expérimentale INRAE PHACC, l’UMR et l’UE assurant la gestion de la Plateforme de Phénotypage haut débit Pheno3C, qui permet l’étude en condition de plein champ des interactions génotype x environnement, et de tester l’impact de paramètres clefs du changement climatique (stress hydrique, [CO2] atmosphérique).
Considérée aujourd’hui comme un leader incontournable en génomique et génétique des céréales au niveau international, l’UMR GDEC a développé un réseau très dense de collaborations avec des partenaires académiques et privés.
Publications ( HAL )
- Exploitation des outils statistiques pour l'intégration des données omiques en biologie végétale et animale
Emile Mardoc - In silico analysis of the Seven IN Absentia (SINA) genes in bread wheat sheds light on their structure in plants
Jane Roche , Claire Guérin , Céline Dupuits , Cherkaoui Elmodafar , Pascale Goupil , Said Mouzeyar - The genomics of linkage drag in inbred lines of sunflower
Kaichi Huang , Mojtaba Jahani , Jérôme Gouzy , Alexandra Legendre , Sébastien Carrere , José Miguel Lázaro-Guevara , Eric Gerardo González Segovia , Marco Todesco , Baptiste Mayjonade , Nathalie Rodde , Stéphane Cauet , Isabelle Dufau , S. Evan Staton , Nicolas Pouilly , Marie-Claude Boniface , Camille Tapy , Brigitte Mangin , Alexandra Duhnen , Véronique Gautier , Charles Poncet - The sunflower genome provides insights into oil metabolism, flowering and Asterid evolution
Hélène Badouin , Jerome Gouzy , Christopher Grassa , Florent Murat , S Evan Staton , Ludovic Cottret , Christine Lelandais-Briere , Gregory L Owens , Sebastien Carrere , Baptiste Mayjonade , Ludovic Legrand , Navdeep Gill , Nolan C Kane , John E Bowers , Sariel Hubner , Arnaud Bellec , Aurélie Berard , Helene Berges , Nicolas Blanchet , Marie-Claude Boniface - Estimating the frequency of virulence against an Stb gene in Zymoseptoria tritici populations by bulk phenotyping on checkerboard microcanopies of wheat near‐isogenic lines
Frédéric Suffert , Stéphanie Le Prieur , Sandrine Gélisse , Emmie Dzialo , Cyrille Saintenac , Thierry Marcel - Genetic architecture of a plant adaptive trait: QTL mapping of intraspecific variation for tolerance to metal pollution in Arabidopsis halleri
Marie-Joe Karam , Dima Souleman , M. Sol Schvartzman , Sophie Gallina , Julien Spielmann , Charles Poncet , Olivier Bouchez , Maxime Pauwels , Marc Hanikenne , Hélène Frérot - Corrigendum: Investigating genetic diversity within the most abundant and prevalent non-pathogenic leaf-associated bacteria interacting with Arabidopsis thaliana in natural habitats
Daniela Ramírez-Sánchez , Chrystel Gibelin-Viala , Baptiste Mayjonade , Rémi Duflos , Elodie Belmonte , Vincent Pailler , Claudia Bartoli , Sébastien Carrere , Fabienne Vailleau , Fabrice Roux - Meiotic Gene Evolution: Can You Teach a New Dog New Tricks?
Andrew Lloyd , Marion Ranoux , Sonia S. Vautrin , Natasha Marie Glover , Joëlle Fourment , Delphine Charif , Frédéric Choulet , Gilles Lassalle , William Marande , Joseph Tran Ngoc Danh , Fabienne F. Granier , Lise Pingault , Arnaud A. Remay , Catherine Charpentier , Harry H. Belcram , Boulos Chalhoub , Catherine C. Feuillet , Helene H. Berges , Pierre Sourdille , Eric E. Jenczewski - Integrative systems biology of wheat susceptibility to Fusarium graminearum uncovers a conserved gene regulatory network and identifies master regulators targeted by fungal core effectors
Florian Rocher , Samir Dou , Géraldine Philippe , Marie-Laure Martin , Philippe Label , Thierry Langin , Ludovic Bonhomme - Maize green leaf area index dynamics: genetic basis of a new secondary trait for grain yield in optimal and drought conditions
Justin Blancon , Clément Buet , Pierre Dubreuil , Marie-Hélène Tixier , Frédéric Baret , Sébastien Praud