Unité Mixte de Recherche

Microbes Intestin Inflammation et Susceptibilité de l’Hôte

graal-m2ish

UMR 1071 Inserm / UCA

Directeur(s)

Directeur de laboratoire

Nicolas BARNICH

Coordonnées

Facultés de Médecine et de Pharmacie
BP 38
28, Place Henri-Dunant
63001 Clermont-Ferrand
+33 4 73 17 79 97

Contact

Jeannette OUERTANI
Secrétariat
jannette.ouertani@uca.fr

Thèmes de Recherche

Version Française English version

Un dialogue permanent s’établit dans le tube digestif entre le micobiote et l’hôte et tout déséquilibre de cette symbiose est à l’origine de nombreuses pathologies. L’UMR 1071 Inserm/université d’Auvergne mène depuis une dizaine d’années des travaux consistant à analyser la relation bactéries-hôte en étudiant les Escherichia coli pathogènes impliqués dans les maladies inflammatoires chroniques du tube digestif, en particulier la maladie de Crohn (MC) et les E. coli entérohémorragiques responsables de diarrhées aiguës et de syndrome hémolytique et urémique. Nous avons plus particulièrement été pionniers dans la mise en évidence que la muqueuse iléale des patients atteints de MC était anormalement colonisée par Escherichia coli. Notre hypothèse est que le développement de la MC pourrait être lié à une susceptibilité génétique des patients à être colonisés par les souches pathogènes de Escherichia coli (adherent-invasive E. coli ou AIEC) qui sont capables d’adhérer et de promouvoir leur internalisation dans les cellules épithéliales intestinales, de survivre et de se multiplier dans les cellules macrophagiques. De plus, en raison du lien fort qui existe entre inflammation chronique et cancer, nous avons également ouvert un nouveau sujet d’étude concernant la piste infectieuse à E. coli dans le développement de cancer colorectal.

Nous développons principalement trois axes de recherche : (i) exploration de la virulence de Escherichia coli responsables de pathologies inflammatoires intestinales, (ii) étude de la prédisposition de l’hôte à l’infection par E. coli dans la maladie de Crohn et le cancer colorectal, et (iii) développement de nouvelles thérapies spécifiques.
 

There is an ongoing dialogue in the digestive tract between microbiota and the host. Any imbalance in this symbiosis leads to many diseases, such as chronic inflammatory bowel diseases, colorectal cancer, obesity, metabolic syndrome. For the last ten years, the research unit “Microbes, Intestine, Inflammation and Host Susceptibility”, UMR 1071 Inserm/Université d’Auvergne, INRA USC 2018, has been studying the relationship between intestinal microbiota and the host, particularly the involvement of pathogenic Escherichia coli in chronic inflammatory bowel diseases, focusing on Crohn's disease and the role of enterohemmoragic E. coli involved in acute diarrhea and hemolytic uremic syndrome. This research unit is pioneer in demonstrating that the ileal mucosa of patients with Crohn's disease was abnormally colonized by pathogenic adherent-invasive Escherichia coli due to genetic susceptibility of Crohn’s disease patients with increased expression of intestinal receptor allowing E. coli colonization and/or with defects in autophagy, a cellular process allowing host cells to eliminate any intracellular pathogens. In addition, due to the strong link between chronic inflammation and cancer, this research unit also studies the link between modifications of the intestinal microbiota and colorectal cancer.

This unit is currently developing three areas of research: (i) exploration of the virulence of Escherichia coli responsible for chronic inflammatory bowel diseases and colorectal cancer, (ii) analysis of the host susceptibility to develop Crohn's disease or colorectal cancer, and (iii) design of new specific therapies.

Composition ( effectif total : 38 )

  • ANDRE Marc -
  • AUMAITRE Olivier -
  • BARNICH Nicolas -
  • BILLARD Elisabeth -
  • BONNET Richard -
  • BONNET Mathilde -
  • BOUCHER Delphine -
  • BUC Emmanuel -
  • DALMASSO Guillaume -
  • DELMAS Julien -
  • DENIZOT Jeremy -
  • LIVRELLI Valerie -
  • PEZET Denis -
  • ROBIN Frederic -
  • NGUYEN Hang -
  • CHEVARIN Caroline -
  • GOUTTE Marion -
  • RODRIGUES Michael -
  • SAUVANET Pierre -
  • SIVIGNON Adeline -
  • BONNIN Virginie -
  • CARDAMONE Emilie -
  • MARINELLI Anne-Sophie -
  • OUERTANI Jeannette -
  • REZARD Alexandra -
  • ROCHE Marie-Pierre -

Publications majeures

  • Crohns disease-associated adherent invasive Escherichia coli affect levels of microRNAs in intestinal epithelial cells to reduce autophagy
    Nguyen H,Dalmasso G,Mueller S,Carriere J,Seibold F,Darfeuille-Michaud A
    Gastroenterology
    2014; 1495 : 1495
  • Diffusion weighted magnetic resonance imaging for detecting and assessing ileal inflammation in Crohns disease
    Buisson A,Joubert A,Montoriol PF,DaInes D,Hordonneau C,Pereira B,Garcier JM,Bommelaer G,Petitcolin V
    Aliment Pharmacol Ther
    2013; 37(5) : 537-45
  • High prevalence of mucosa associated E. coli producing cyclomodulin and genotoxin in colon cancer
    Buc E,Dubois D,Sauvanet P,Raisch J,Delmas J,Darfeuille-Michaud A,Pezet D,Bonnet R
    PLoS One
    2013; 0056964 : 56964
  • Point mutations in FimH adhesin of Crohn's disease associated adherent invasive Escherichia coli enhance intestinal inflammatory response
    Dreux N,Denizot J,Martinez-Medina M,Mellmann A,Billig M,Kisiela D,Chattopadhyay S,Sokurenko E,Neut C,Gower-Rousseau C,Colombel JF,Bonnet R,Darfeuille-Michaud A,Barnich N
    PLoS Pathog
    2013; 1003141 : 1003141
  • Defects in autophagy favour adherent invasive Escherichia coli persistence within macrophages leading to increased pro inflammatory response
    Lapaquette P,Bringer MA,Darfeuille-Michaud A
    Cell Microbiol
    2012; 14(6) : 791-807
  • Genetic and microbial factors modulating the ubiquitin proteasome system in inflammatory bowel disease
    Cleynen I,Vazeille E,Artieda M,Verspaget-Walsh HW,Szczypiorska M,Bringer MA,Lakatos PL,Seibold F,Parnell K,Weersma RK,Mahachie JM,Morgan R,Staelens D,Arijs I,De-Hertogh G,Muller S,Tordai A,Hommes DW,Ahmad T,Wijmenga C,Pender S,Rutgeerts P,VanSteen K,Lottaz D,Vermeire S,Darfeuille-Michaud A
    Gut
    2012; 10.1136 : 303205
  • Crohn disease--associated adherent-invasive E. coli bacteria target mouse and human Peyer's patches via long polar fimbriae
    Chassaing B,Rolhion N,De-Vallee A,Salim SY,Prorok-Hamon M,Neut C,Campbell BJ,Soderholm JD,Hugot JP,Colombel JF,Darfeuille-Michaud A
    J Clin Invest
    2011; 121(3) : 966-75
  • Regulation of IRGM-dependent xenophagy by miR-196 is lost by synonymous variant C313T in Crohn’s disease
    Brest P,Lapaquette P,Lebrigand K,Cesaro A,Vouret-Craviari V,Mari B,Barbry P,Hebuterne X,Mograbi B,Hofman P,Darfeuille-Michaud A
    Nature Genetics
    2011; 43 : 242
  • A synonymous variant in IRGM alters a binding site for miR-196 and causes deregulation of IRGM-dependent xenophagy in Crohn's disease
    Brest P,Lapaquette P,Souidi M,Lebrigand K,Cesaro A,Vouret-Craviari V,Mari B,Barbry P,Mosnier JF,Hebuterne X,Harel-Bellan A,Mograbi B,Darfeuille-Michaud A,Hofman P
    Nat Genet
    2011; 43(3) : 242-5
  • Crohn's disease-associated adherent-invasive E. Coli are selectively favoured by impaired autophagy to replicated intracellularly.
    Mulle S,Scheffer T,Flogerzi B,Seibold-Schmid B,Schnider J,Darfeuille-Michaud A,Vazeille E,Takahashi K,Schoepfer AM,Seibold F
    Cellular Microbiology
    2010; 12 : 99

Production scientifique depuis 2013

Reconnaissance de l'excellence

  • ERA-NET - 2008 COLIEVOL
  • Bourses CURIE - 2011 MIRNA-AIEC
  • ERA-NET - Pathogenomics
  • ANR 2012 - STARLET
  • ANR 2013 - Nutribiote
  • ANR 2013 - COMeBACk
  • Action Marie Curie - DISCO