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Unité Mixte de Recherche
L’UMR 454 MEDiS (Microbiologie Environnement Digestif et Santé ; https://www6.ara.inrae.fr/medis/), avec une double tutelle INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement) et UCA (Université Clermont Auvergne), a été créée en 2017 lors du précédent contrat. Le laboratoire résulte de la fusion de deux structures de recherche, l’Unité de Recherche Microbiologie (UR 454) sur le site de Theix proche de Clermont-Fd et l’EA 4678 CIDAM (Conception, Ingénierie et Développement de l’Aliment et du Médicament) localisée sur le site des facultés de Médecine et Pharmacie de Clermont-Fd. Les deux entités avaient comme tutelles respectives l’INRA et l’Université d’Auvergne (UdA).
MEDiS est une mono-équipe organisée en deux thématiques scientifiques 1) Microbiote, Métabolisme, Dysbiose et 2) Pathogènes Alimentaires Zoonotiques et un axe de recherche transversal Développement de formulations galéniques innovantes.
L’objectif principal des travaux conduits au sein de l’UMR vise à étudier les inter-relations entre micro-organismes intestinaux et alimentation, facteurs environnementaux et/ou agents pathogènes pouvant conduire à différentes situations physio-pathologiques. Il s’agit également de pouvoir proposer des stratégies innovantes permettant de traiter/prévenir les désordres microbiens impliqués dans les états pathologiques étudiés. Le microbiote intestinal est ainsi le point central commun aux différents axes de recherche, en particulier pour ses fonctions métaboliques.
L’organisation de l’Unité permet de mettre en commun les compétences en physiologie microbienne, écologie microbienne, biologie moléculaire, (méta) génomique, (meta) transcriptomique, protéomique, physiologie digestive humaine et animale, sciences des aliments, biochimie, chimie analytique, galénique, biopharmacie et bioinformatique. Les modèles animaux, cellulaires et de simulation de l’environnement digestif sont également des supports originaux permettant la conduite des recherches de l’Unité. L’Unité peut ainsi s’appuyer sur une annexe expérimentale (animalerie pour animaux gnotobiotiques), un plateau de simulation de l’environnement digestif, un plateau de galénique-biopharmacie, un plateau de capture de gènes. Ces trois derniers plateaux sont intégrés à UCA Partner (Plateformes d’assistance à la Recherche, aux Technologies et aux Entreprises ; https://partner.uca.fr/partner-uca-fr/).
Le positionnement de l’UMR est ainsi clairement orienté vers l’étude des fonctions du microbiote en relation avec les intrants (aliments, xénobiotiques, pathogènes) et les dialogues instaurés avec l’hôte. Cette organisation permet de prendre en compte le caractère multifactoriel des pathologies intestinales et extra-intestinales en lien avec les dysbioses.
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