Bioinformatique
| Nature | UE |
|---|
| Crédits ECTS | 3 |
|---|---|
| Volume horaire total | 29 |
| Volume horaire CM | 9 |
| Volume horaire TD | 4 |
| Volume horaire TP | 16 |
Pré-requis
L'enseignement fera référence aux acquis de l'UE « Biologie et Génétique moléculaire – Bioinformatique » du N2
Objectifs
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Contenu
Cours magistraux
- Rappels de modélisation en bioinformatique
- Présentation des bases de données et services de bioinformatique (NCBI, EMBL, ENSEMBL)
- Principes algorithmiques de l'alignement de deux séquences
- Le BLAST : principe, utilisation, interprétation
- Exploitation des données du Blast en phylogénie
Travaux Dirigés
- Mise en œuvre de l'algorithme de l'alignement de 2 séquences
- Étude de cas : caractérisation de fragments métagénomiques
- Contrôle continu
Travaux pratiques
- Prise en main des outils, services et bases de données de bioinformatique (NCBI, EMBL, ENSEMBL, ORFfinder, BLAST...)
- Projet d'annotation : mise en œuvre d'une démarche d'analyse de données métagénomiques pour la caractérisation structurale, fonctionnelle et taxonomique d'un fragment génomique (utilisation de l'environnement annotathon)
- Rappels de modélisation en bioinformatique
- Présentation des bases de données et services de bioinformatique (NCBI, EMBL, ENSEMBL)
- Principes algorithmiques de l'alignement de deux séquences
- Le BLAST : principe, utilisation, interprétation
- Exploitation des données du Blast en phylogénie
Travaux Dirigés
- Mise en œuvre de l'algorithme de l'alignement de 2 séquences
- Étude de cas : caractérisation de fragments métagénomiques
- Contrôle continu
Travaux pratiques
- Prise en main des outils, services et bases de données de bioinformatique (NCBI, EMBL, ENSEMBL, ORFfinder, BLAST...)
- Projet d'annotation : mise en œuvre d'une démarche d'analyse de données métagénomiques pour la caractérisation structurale, fonctionnelle et taxonomique d'un fragment génomique (utilisation de l'environnement annotathon)
Appartient à
Informations complémentaires
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