Laboratoire de Génétique, Diversité, Écophysiologie des Céréales
UMR 1095 / UCA
- Adresse :
- Site Crouël
5, Chemin de Beaulieu
63039 CLERMONT-FERRAND
- Tél :
- + 33 4 43 76 15 34
- Sur Internet :
- www6.clermont.inrae.fr/umr1095/
- Adresse :
- Campus Universitaire des Cézeaux
TSA 60026 - CS 60026
1, Impasse Amélie Murat
63178 AUBIERE
- Tél :
- + 33 4 43 76 15 34
- Sur Internet :
- www6.clermont.inrae.fr/umr1095/
Responsables
- Directeur de laboratoire
- Jerome SALSE
- Gestionnaire d'unité
- Lucie SAVOCA lucie.savoca@uca.fr
Composition équipe ( effectif total : 98 )
- BONHOMME Ludovic -
- BOUDET Julie -
- MARLIAC Gaelle -
- MOUZEYAR Said -
- PIQUET Agnes -
- ROCHE EYHERAGUIBEL Jane -
- ALLARD Vincent -
- BLANCON Justin -
- BOUCHET Sophie -
- CHARMET Gilles -
- CIVAN Peter -
- LANGIN Thierry -
- LE GOUIS Jacques -
- LECARPENTIER Christophe -
- SAINTENAC Cyrille -
- SALSE Jerome -
- SOURDILLE Pierre -
- BALFOURIER Francois -
- BARRET Pierre -
- BLANCHET Guillaume -
- BOUGUENNEC Annaig -
- CHOULET Frederic -
- GIROUSSE Christine -
- LEROY Philippe -
- OURY Francois Xavier -
- PONCET Charles -
- RAVEL Catherine -
- BANCEL Emmanuelle -
- BELMONTE Elodie -
- BRUN Lea -
- DEBITON Clement -
- DHANASEKARAN Padmapriya -
- LASSERRE ZUBER Pauline -
- LELOUP Fabien -
- NADAUD Isabelle -
- PONT Caroline -
- RANOUX Marion -
- RIMBERT Helene -
- DOU Samir -
- ALVAREZ David -
- BARDY Lionel -
- BENEDIT Stephane -
- BERNARD Stephane -
- BERNARD Nathalie -
- BLANC Richard -
- BOYER Delphine -
- BRESSON Amelie -
- CALVAYRAC Catherine -
- CAMBON Florence -
- CARRIAS DELOCHE Marion -
- CHAREF Bouzid -
- CHARMET Jean Francois -
- CONFOLENT Carole -
- CORMIER David -
- COSTON Amelie -
- DARDEVET Mireille -
- DUPUITS Celine -
- EXBRAYAT VINSON Florence -
- FAYE Annie -
- GATEAU Isabelle -
- GAUTIER Veronique -
- GEORGES Ludovic -
- GIROUD Raphael -
- HUNEAU Cecile -
- JAFFRELO Lydia -
- KITT Jonathan -
- LHOMMET Isabelle -
- LOUSSERT Alain -
- MAGNAUDET Julien -
- MARCON Dominique -
- MARTIGNAC Valerie -
- MAUNY Christine -
- MENECIER Clara -
- MERLINO Marielle -
- PARTIER Anne -
- PERROCHON Sibille -
- PHILIPPE Geraldine -
- RIBEYRE Karine -
- ROUGEOL Severine -
- ROUX Noel -
- SAUVAT Stephane -
- SAVOCA Lucie -
- SOUDIERE Olivier -
- TASSY Caroline -
- TIXIER LEYRE Patricia -
- ADAMIK Larissa -
- AHCHOUCH Fatima Zahra -
- AYILALATH Shimlal -
- BANOUH Meriem -
- BORJAS Aldo -
- DHANASEKARAN Padmapriya -
- DUPONT Maxime -
- FREY Caroline -
- MAGLIARASCHI Ninon -
- MARDOC Emile -
- OULAD ZIANE Salma -
- PAPON Nathan -
- SIMON Lena -
Equipes
- Génétique et Recombinaison (GeCO) , Pierre SOURDILLE
- Centre de Ressources Biologiques (CRB) , Francois BALFOURIER
- Cultures des Plantes en Conditions Contrôlées (CPCC) , Stephane BERNARD
- Diversité et Génomes (DiGen) , Etienne PAUX
- La Variance comme source de Stabilité (VISTA) , Vincent ALLARD
- Maladies des céréales (MDC) , Thierry LANGIN
- Paléogénomique et Evolution (PaléoEvo) , Jerome SALSE
- Plateforme de Bioinformatique (BIOINFO) , Frederic CHOULET
- Plateforme de Transgénèse du Blé (ValFon) , Pierre BARRET
- Plateforme de séquençage et genotypage (Gentyane) , Charles PONCET
- Qualité des grains (QualiGrain) , Jacques LE GOUIS
Thèmes de Recherche
L’Unité Mixte de Recherche Génétique Diversité Ecophysiologie des Céréales (UMR 1095 GDEC) associe l’INRAE (Départements scientifiques BAP, AgroEnv, SPE, Centre Clermont Auvergne – Rhône-Alpes) et l’Université Clermont-Auvergne (UFR de Biologie, Collegium « Sciences de la Vie, Santé, Environnement »). Localisée sur le site Inrae de Crouël (Clermont-Fd) et sur le Campus Universitaire des Cézeaux (Aubière), elle compte 80 permanents (68 Inra, 8 UCA, 3 VAS, 1 CNRS) et 30 à 40 non permanents (Doctorants, Post-Doctorants, CDD, visiteurs). Elle est rattachée à l’Ecole Doctorale 65 Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement, et impliquée dans différentes formations, dont le Master de Biologie Végétale Plant Integrative Biology & Breeding (PIBB) et le Master de Microbiologie.
Les projets, développés au sein de 6 équipes de recherche aux thématiques interconnectées, sont focalisés sur le blé tendre, espèce modèle et d’importance agronomique (2ème céréale au niveau mondial). A l’interface entre recherche fondamentale et recherche finalisée, leur objectif commun est l’amélioration de la qualité et du rendement du blé dans un contexte de transition agroécologique et de changements climatiques, avec comme principaux objectifs : (1) Progresser dans la connaissance de la structure, de l’organisation, du fonctionnement et de l’évolution du génome du blé tendre, comprendre la genèse de nouvelles fonctions et/ou l’évolution de fonctions conservées spécifiques au cours de l’histoire évolutive du blé et plus largement des céréales. (2) Décrypter et modéliser les mécanismes moléculaires et physiologiques impliqués dans le contrôle de caractères agronomiques importants tels que rendement, qualité du grain et résistance/tolérance à des stress biotiques (maladies) ou abiotiques (déficience en azote, en soufre, changements climatiques, …). (3) Analyser et valoriser les ressources génétiques, (4) Contribuer au développement de nouveaux outils et méthodes de sélection (Sélection génomique), et intégrer les connaissances acquises dans des modèles pour améliorer l’efficacité de la sélection variétale. Ces projets s’inscrivent dans les objectifs du Challenge 1 « Concevoir et piloter des agroécosystèmes durables dans un contexte de changement global » du projet I-SITE Clermont CAP 20-25.
L’UMR GDEC dispose d’infrastructures expérimentales dotées des équipements les plus récents : Plateforme Stratégique Nationale Gentyane (Séquençage et génotypage haut débit), Plateforme de Validation Fonctionnelle (transgénèse blés, collections de mutants, Genome Editing), Plateforme de production de matériel végétal en conditions contrôlées (enceintes et chambres climatiques, 1300 m2 de serres conventionnelles, 1000 m2 de serres S2), Centre de Ressources Biologiques Céréales à paille (~27000 accessions), Plateforme de Bioinformatique, Service d’Appui (gestion administrative, financière, RH). Les expérimentations en plein champ sont réalisées en collaboration avec l’Unité Expérimentale INRAE PHACC, l’UMR et l’UE assurant la gestion de la Plateforme de Phénotypage haut débit Pheno3C, qui permet l’étude en condition de plein champ des interactions génotype x environnement, et de tester l’impact de paramètres clefs du changement climatique (stress hydrique, [CO2] atmosphérique).
Considérée aujourd’hui comme un leader incontournable en génomique et génétique des céréales au niveau international, l’UMR GDEC a développé un réseau très dense de collaborations avec des partenaires académiques et privés.
Publications ( HAL )
- In Situ Gluten–Chitosan Interlocked Self‐Assembled Supramolecular Architecture Reduces T‐Cell‐Mediated Immune Response to Gluten in Celiac Disease
Miguel Ribeiro , Stefania Picascia , Larbi Rhazi , Carmen Gianfrani , Jose Maria Carrillo , Marta Rodriguez-Quijano , Gérard Branlard , Fernando Nunes - Tracing 100 million years of grass genome evolutionary plasticity
Arnaud Bellec , Mamadou Dia Sow , Caroline Pont , Peter Civan , Emile Mardoc , Wandrille Duchemin , David Armisen , Cécile Huneau , Johanne Thévenin , Vanessa Vernoud , Nathalie Depège-Fargeix , Laurent Maunas , Brigitte Escale , Bertrand Dubreucq , Peter Rogowsky , Hélène Bergès , Jerome Salse - Améliorer le blé pour limiter les intolérances au gluten
Catherine Ravel , Mélanie Lavoignat , Emmanuelle Bancel - GlutN: GlutN: A translational approach from plant to patient to improve knowledge on non-coeliac gluten/wheat sensitivity
Emmanuelle Bancel , Mélanie Lavoignat , Marie-Agnès Peyron , Bruno Novales , Brigitte Chanteranne , Emmanuelle Kesse-Guyot , Véronique Santé-Lhoutellier , Catherine Ravel , Angélina D’orlando , Corinne Bouteloup-Demange - Structural and Functional Annotation of the Wheat Genome
Frédéric Choulet , Xi Wang , Manuel Spannagl , David Swarbreck , Hélène Rimbert , Philippe Leroy , Pauline Lasserre-Zuber , Nathan Papon - Etude de l'impact du changement climatique sur les caractéristiques et le comportement au fractionnement de blés quasi-isogéniques pour la dureté
Marion Serie , Catherine Ravel , Jacques Le Gouis , Georges Maraval , Adrien Réau , Robert Mélina , Marie-Françoise Samson , Valérie Lullien-Pellerin - Genomic prediction of agronomic and malting quality traits in six-rowed winter barley
G. Charmet , P A Pin , M. Schmitt , N. Leroy , B. Claustres , C. Burt , A. Genty - Genetic regions determine tolerance to nitrogen deficiency in European elite bread wheats grown under contrasting nitrogen stress scenarios
Agathe Mini , Gaëtan Touzy , Katia Beauchêne , Jean‐pierre Cohan , Emmanuel Heumez , François-Xavier Oury , Renaud Rincent , Stéphane Lafarge , Jacques Le Gouis - Cloning of AvrStb9, a gene of Zymoseptoria tritici conferring avirulence on wheat cultivars carrying the Stb9 resistance gene
Thierry Marcel , Colette Audéon , Jérôme Compain , Gélisse Sandrine , Aurélie Ducasse , Sophie Bouchet , Cyrille Saintenac , Nicolas Lapalu , Daniel Croll , Joëlle Amselem , Sabine Fillinger - Cloning of AvrStb9, a gene of Zymoseptoria tritici conferring avirulence on wheat cultivars carrying the Stb9 resistance gene
Thierry Marcel , Colette Audeon , Compain Jérôme , Sandrine Gélisse , Aurélie Ducasse , Sophie Bouchet , Cyrille Saintenac , Nicolas Lapalus , Daniel Croll , Joëlle Amselem , Sabine Fillinger