Microbiologie Environnement Digestif Santé

UMR 0454 / UCA
- Adresse :
- INRAE Site de Theix
, INRAE - Clermont Auvergne Rhône Alpes
63122 SAINT-GENES-CHAMPANELLE
- Tél :
- 04-73-17-83-08
- Sur Internet :
- www6.ara.inrae.fr/medis/
- Adresse :
- CBRV
TSA 50400
28, Place Henri Dunant
63001 CLERMONT-FERRAND
- Tél :
- 04-73-17-83-08
- Sur Internet :
- www6.ara.inrae.fr/medis/
Responsables
- Directeur de laboratoire
- Mickael DESVAUX
- Directrice Adjointe
- Stephanie BLANQUET-DIOT
Composition équipe ( effectif total : 53 )
- ALRIC Monique -
- BEYSSAC Erick -
- BLANQUET-DIOT Stephanie -
- ETIENNE MESMIN Lucie -
- GARRAIT Ghislain -
- LAINE Emmanuelle -
- PEYRET Pierre -
- BERNALIER-DONADILLE Annick -
- DESVAUX Mickael -
- FORANO Evelyne -
- HEBRAUD Michel -
- JUBELIN Gregory -
- MOSONI Pascale -
- SAPOUNTZIS Panagiotis -
- TALON Regine -
- DEL HOMME Christophe -
- DENIS Sylvain -
- DUNIERE Lysiane -
- DURAND Frederique -
- FADHLAOUI Khaled -
- LEROY Sabine -
- MARRE Sophie -
- REUTER Audrey -
- CHAFSEY Ingrid -
- CHALANCON Sandrine -
- COUTURIER Ingrid -
- DURIF Claude -
- GUILLOT Laurie -
- RUIZ Philippe -
- ANDANT Carine -
- CACCIA Nelly -
- CISSOIRE Arlette -
- DANIEL Julien -
- DANON Jeanne -
- DE MARTRIN Christophe -
- DELMAS Eve -
- DHAINAUT Catherine -
- DO COUTO Maria Gloria -
- DURAND Alexandra -
- DUTILLOY Stephanie -
- GARRIVIER Annie -
- LEBBAOUI Yacine -
- MAZAL Carine -
- MILESI Sylvie -
- RICHARD Alexandre -
- ROUSSEAU Valerie -
- ABDI Ameni -
- BRON Auriane -
- CHAKOORY Oshma -
- DESCOTES GENON Pauline -
- FAKIH Ibrahim -
- GUILBAUD Justine -
- O'SULLIVAN Deborah -
Thèmes de Recherche
L’Unité MEDiS (Microbiologie Environnement Digestif et Santé ; https://www6.ara.inrae.fr/medis/), est une Unité Mixte de Recherche entre INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement) et l'UCA (Université Clermont Auvergne) créée en Janvier 2017. L'UMR454 MEDiS est géographiquement localisée sur deux sites, le site de Theix (Centre de Recherche Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes, 63122 Saint-Genès Champanelle) et le site Dunant (Faculté de Médecine et de Parapharmacie, 63000 Clermont-Ferrand).
L'Unité MEDiS est organisée en mono-équipe et s'articule autour de quatre axes thématiques de recherche interactifs : (i) Pathogènes Alimentaires Zoonotiques (PAZ), avec l'étude de l'écophysiologie des Escherichia coli pathogènes diarrhéiques (DEC), et plus généralement du colibiome et du microbiome associé, ainsi que de listeria monocytogenes, (ii) Fonctions Métaboliques du Microbiote digestif et Dysbioses (FM2D), en particulier avec l'étude d'intrants positifs ou négatifs comme les polyphénols et les xénobiotiques, dans des situations physiologiques ou pathologiques (syndrome de l'intestin irritable et obésité), (iii) GALéniques INNovantes (GALINN) avec le développement de nouvelles stratégies de vectorisation de probiotiques, de prébiotiques ou de substances actives et (iv) INNOvations et développement de modèles in VITRO (INNOVITRO) avec le développement de systèmes digestifs artificiels ou de systèmes de capture de gènes.
Les recherches de l'Unité portent sur l'étude des interactions des microbiotes alimentaires et digestifs de l'animal et de l'Homme avec leur environnement. L'objectif principal des travaux conduits au sein de l'UMR vise à étudier les inter-relations entre micro-organismes intestinaux et alimentation, facteurs environnementaux et/ou agents pathogènes pouvant conduire à différentes situations physio-pathologiques. Il s'agit également de pouvoir proposer des stratégies innovantes permettant de traiter/prévenir les désordres microbiens impliqués dans les états pathologiques étudiés. Le microbiote est ainsi le point central commun aux différents axes de recherche.
L'Unité dispose d'infrastructures expérimentales performantes avec 4 plateaux techniques ; l'Installation Expérimentale Microbiologie (IEM) INRAE, mettant à disposition une animalerie gnotobiotique, le plateau UCA Partner GALBIOPHARM dédié à l'évaluation biopharmaceutique et galénique de composés actifs, le plateau UCA Partner DIGESTIV de simulation de l'environnement digestif humain et animal, le plateau UCA Partner CAPTURE dédié à la capture de gènes. L'Unité a des liens privilégiés avec des plateformes régionales dans lesquelles des scientifiques du MEDiS ont des responsabilités, la plateforme Auvergne Bioinformatique (AuBi), la plateforme d'exploration du métabolisme (PFEM) et la plateforme IRICE PRIMUM (plateforme de recherche intégrative en nutrition et mobilité).
L'UMR MEDiS représente un effectif d'environ 70 personnes dont une quarantaine de titulaires INRAE ou UCA (Directeur de Recheche, Professeur d'Université, Chargé de Recherche, Maître de Conférence Universitaire, Ingénieur de Recherche, Ingénieur d'Etude, Assistant Ingénieur, Technicien de Recherche, Adjoint Technique Principal). Elle accueille régulièrement des doctorants et post-doctorants ainsi que des stagiaires et CDD, représentant en moyenne une quinzaine de contractuels par an. MEDiS accueille et collabore avec des personnels détachés de la société Lallemand, en particulier son Unité d'Affaires Nutrition Animale, avec qui elle développe depuis plus de 25 ans un partenariat de recherche privilégié concernant l'utilisation d'additifs alimentaires pour les animaux d'élevage en lien avec les thèmes FM2D et PAZ.
Publications ( HAL )
- Dr. Ahmed Ouali, 1948–2020
Mohammed Gagaoua , Miguel Angel Sentandreu , Gerald Coulis , Laurent Aubry , Thierry Astruc , Carlos Herrera-Mendez , Christian Valin , Yves Benyamin , Eric Fernandez , Brigitte Gaillard-Martinie , Brigitte Picard , Claudia Terlouw , Jean-François J.-F. Hocquette , Mohammed Zabari , Declan Troy , David Hopkins , Jean-Louis Damez , Edmond Rock - The extent of nitrogen isotopic fractionation in rumen bacteria is associated with changes in rumen nitrogen metabolism
Gonzalo Cantalapiedra-Hijar , Gonzalo Martinez-Fernandez , Evelyne Forano , Stuart Denman , Diego Morgavi , Christopher Mcsweeney - In vitro effects of Bacillus subtilis CH201 and Bacillus licheniformis CH200 on rumen microbiota
R. Gresse , Giuseppe Copani , B.I. Cappellozza , Angélique Torrent , Didier Macheboeuf , Evelyne Forano , Vincent Niderkorn - Rumen microbial genomics: from cells to genes (and back to cells)
Milka Popova , Ibrahim Fakih , Evelyne Forano , Anne Siegel , Rafael Muñoz-Tamayo , Diego Morgavi - Effect of subtherapeutic and therapeutic sulfamethazine concentrations on transcribed genes and translated proteins involved in Microbacterium sp. C448 resistance and degradation
Laurianne Paris , Marion Devers-Lamrani , Muriel Joly , Didier Viala , Marie de Antonio , Bruno Pereira , Nadine Rouard , Pascale Besse-Hoggan , Michel Hébraud , Edward Topp , Fabrice Martin-Laurent , Isabelle Batisson - Un régime riche en fructose altère différentiellement les voies d'utilisation du tryptophane chez la souris : Apport de la comparaison état à jeun / état nourri
Andreu Gual-Grau , Marianne Jarzaguet , Dominique Dardevet , Didier Remond , Antoine Lefèvre , Annick Bernalier Donadille , Patrick Emond , Isabelle Savary-Auzeloux - Experimental models to study intestinal microbes–mucus interactions in health and disease
Lucie Etienne-Mesmin , Benoit Chassaing , Mickael M. Desvaux , Kim De paepe , Raphaële Gresse , Thomas Sauvaitre , Evelyne Forano , Tom Van De wiele , Stephanie Schüller , Nathalie Juge , Stéphanie Blanquet-Diot - Microbiome engineering as a biopreservation approach to reduce Listeria monocytogenes in food
Frédéric Borges , Cecile Mangavel , Alexis Dijamentiuk , Chloé Gapp , Madga Corgneau , Laurent Guillier , Mickaël Desvaux , Marcia Leyva Salas , Anne-Marie Revol-Junelles - Escherichia coli O157:H7 exposée à des consortia microbiens alimentaires : quels impacts sur sa croissance cellulaire ?
Valérie Stahl , Bernard Hezard , Adrienne Lintz , Lysiane Omhover-Fougy , Mickaël Desvaux , Laurent Guillier - Contribution de l’hétérogénéité physiologique et cellulaire à l’hétérogénéité phénotypique de bactéries pathogènes alimentaires
Mickaël Desvaux
Production scientifique depuis 2019
- Forme galénique à base de pulpe de baobab, procédés de préparation et utilisations - 2021
- Modèle dynamique d'étude in vitro de la perméabilité intestinale d'une molécule d'intérêt couplé en continu à un dispositif de dissolution ou de digestion - 2022