Microbiologie Environnement Digestif Santé

UMR 0454 / UCA
- Adresse :
- INRAE Site de Theix
, INRAE - Clermont Auvergne Rhône Alpes
63122 SAINT-GENES-CHAMPANELLE
- Tél :
- 04-73-17-83-08
- Sur Internet :
- www6.ara.inrae.fr/medis/
- Adresse :
- CBRV
TSA 50400
28, Place Henri Dunant
63001 CLERMONT-FERRAND
- Tél :
- 04-73-17-83-08
- Sur Internet :
- www6.ara.inrae.fr/medis/
Responsables
- Directeur de laboratoire
- Mickael DESVAUX
- Directrice Adjointe
- Stephanie BLANQUET-DIOT
Composition équipe ( effectif total : 55 )
- ALRIC Monique -
- BEYSSAC Erick -
- BLANQUET-DIOT Stephanie -
- ETIENNE MESMIN Lucie -
- GARRAIT Ghislain -
- LAINE Emmanuelle -
- PEYRET Pierre -
- BERNALIER-DONADILLE Annick -
- DESVAUX Mickael -
- FORANO Evelyne -
- HEBRAUD Michel -
- JUBELIN Gregory -
- MOSONI Pascale -
- SAPOUNTZIS Panagiotis -
- TALON Regine -
- DEL HOMME Christophe -
- DENIS Sylvain -
- DUNIERE Lysiane -
- DURAND Frederique -
- FADHLAOUI Khaled -
- LEROY Sabine -
- REUTER Audrey -
- URIOT Ophelie -
- CHAFSEY Ingrid -
- CHALANCON Sandrine -
- COUTURIER Ingrid -
- GUILLOT Laurie -
- MAZAL Carine -
- RUIZ Philippe -
- CEBALLOS GARZON Carlos Andres -
- ANDANT Carine -
- CACCIA Nelly -
- CISSOIRE Arlette -
- COUDERT Laetitia -
- DANIEL Julien -
- DANON Jeanne -
- DE MARTRIN Christophe -
- DELMAS Eve -
- DHAINAUT Catherine -
- DO COUTO Maria Gloria -
- DURAND Alexandra -
- DUTILLOY Stephanie -
- GARRIVIER Annie -
- LEBBAOUI Yacine -
- MILESI Sylvie -
- RICHARD Alexandre -
- ROUSSEAU Valerie -
- BRON Auriane -
- CHAKOORY Oshma -
- DESCHAMPS Charlotte -
- DESCOTES GENON Pauline -
- FAKIH Ibrahim -
- HERRERA JIMENEZ Marta -
- O'SULLIVAN Deborah -
- DHIFALLAH Imen -
Thèmes de Recherche
L’Unité MEDiS (Microbiologie Environnement Digestif et Santé ; https://www6.ara.inrae.fr/medis/), est une Unité Mixte de Recherche entre INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement) et l'UCA (Université Clermont Auvergne) créée en Janvier 2017. L'UMR454 MEDiS est géographiquement localisée sur deux sites, le site de Theix (Centre de Recherche Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes, 63122 Saint-Genès Champanelle) et le site Dunant (Faculté de Médecine et de Parapharmacie, 63000 Clermont-Ferrand).
L'Unité MEDiS est organisée en mono-équipe et s'articule autour de quatre axes thématiques de recherche interactifs : (i) Pathogènes Alimentaires Zoonotiques (PAZ), avec l'étude de l'écophysiologie des Escherichia coli pathogènes diarrhéiques (DEC), et plus généralement du colibiome et du microbiome associé, ainsi que de listeria monocytogenes, (ii) Fonctions Métaboliques du Microbiote digestif et Dysbioses (FM2D), en particulier avec l'étude d'intrants positifs ou négatifs comme les polyphénols et les xénobiotiques, dans des situations physiologiques ou pathologiques (syndrome de l'intestin irritable et obésité), (iii) GALéniques INNovantes (GALINN) avec le développement de nouvelles stratégies de vectorisation de probiotiques, de prébiotiques ou de substances actives et (iv) INNOvations et développement de modèles in VITRO (INNOVITRO) avec le développement de systèmes digestifs artificiels ou de systèmes de capture de gènes.
Les recherches de l'Unité portent sur l'étude des interactions des microbiotes alimentaires et digestifs de l'animal et de l'Homme avec leur environnement. L'objectif principal des travaux conduits au sein de l'UMR vise à étudier les inter-relations entre micro-organismes intestinaux et alimentation, facteurs environnementaux et/ou agents pathogènes pouvant conduire à différentes situations physio-pathologiques. Il s'agit également de pouvoir proposer des stratégies innovantes permettant de traiter/prévenir les désordres microbiens impliqués dans les états pathologiques étudiés. Le microbiote est ainsi le point central commun aux différents axes de recherche.
L'Unité dispose d'infrastructures expérimentales performantes avec 4 plateaux techniques ; l'Installation Expérimentale Microbiologie (IEM) INRAE, mettant à disposition une animalerie gnotobiotique, le plateau UCA Partner GALBIOPHARM dédié à l'évaluation biopharmaceutique et galénique de composés actifs, le plateau UCA Partner DIGESTIV de simulation de l'environnement digestif humain et animal, le plateau UCA Partner CAPTURE dédié à la capture de gènes. L'Unité a des liens privilégiés avec des plateformes régionales dans lesquelles des scientifiques du MEDiS ont des responsabilités, la plateforme Auvergne Bioinformatique (AuBi), la plateforme d'exploration du métabolisme (PFEM) et la plateforme IRICE PRIMUM (plateforme de recherche intégrative en nutrition et mobilité).
L'UMR MEDiS représente un effectif d'environ 70 personnes dont une quarantaine de titulaires INRAE ou UCA (Directeur de Recheche, Professeur d'Université, Chargé de Recherche, Maître de Conférence Universitaire, Ingénieur de Recherche, Ingénieur d'Etude, Assistant Ingénieur, Technicien de Recherche, Adjoint Technique Principal). Elle accueille régulièrement des doctorants et post-doctorants ainsi que des stagiaires et CDD, représentant en moyenne une quinzaine de contractuels par an. MEDiS accueille et collabore avec des personnels détachés de la société Lallemand, en particulier son Unité d'Affaires Nutrition Animale, avec qui elle développe depuis plus de 25 ans un partenariat de recherche privilégié concernant l'utilisation d'additifs alimentaires pour les animaux d'élevage en lien avec les thèmes FM2D et PAZ.
Publications ( HAL )
- Crystal structure of a subtilisin-like autotransporter passenger domain reveals insights into its cytotoxic function
Lilian Hor , Akila Pilapitiya , James A Mckenna , Santosh Panjikar , Marilyn A Anderson , Mickaël Desvaux , Jason J Paxman , Begoña Heras - Application de la classification biopharmaceutique des médicaments au développement de compléments nutritionnels et évaluation de l'impact de la qualité des ingrédients sur la biodisponibilité.
Mohamed Ali Begag - Casein structures differently affect postprandial amino acid delivery through their intra-gastric clotting properties
Audrey Boulier , Sylvain Denis , Gwénaële Henry , Sylvie Guerin , Monique Alric , Nathalie Meunier , Adeline Blot , Bruno Pereira , Corinne Malpuech-Brugere , Didier Remond , Yves Boirie , Alain Baniel , Ruddy Richard , Didier Dupont , Gaëlle Boudry - Spatially localized expression of glutamate decarboxylase gadB in Escherichia coli O157:H7 microcolonies in hydrogel matrix
Cedric Saint Martin , Nelly Caccia , Maud Darsonval , Marina Gregoire , Arthur Combeau , Gregory Jubelin , Florence Dubois-Brissonnet , Sabine Leroy , Romain Briandet , Mickael Desvaux - On evidential clustering with partial supervision
Violaine Antoine , Kevin Gravouil , Nicolas Labroche - Ruminants microbiota
Asma Zened , Evelyne Forano , Céline Delbès , Isabelle Verdier-Metz , Diego Morgavi , Milka Popova , Yuliaxis Ramayo-Caldas , Dominique Bergonier , Annabelle Meynadier , Christel Marie-Etancelin - Rumen microbial genomics: from cells to genes (and back to cells)
Milka Popova , Ibrahim Fakih , Evelyne Forano , Anne Siegel , Rafael Muñoz-Tamayo , Diego Morgavi - Influence of temperature on regulation of key virulence and stress response genes in Listeria monocytogenes biofilms
Sofia V Poimenidou , Nelly Caccia , Spiros Paramithiotis , Michel Hébraud , George-John Nychas , Panagiotis N Skandamis - Gastro-Intestinal Microbiota in Equines and Its Role in Health and Disease: The Black Box Opens
Frédérique Chaucheyras-Durand , Audrey Sacy , Kip Karges , Emmanuelle Apper - Spatial organisation of Listeria monocytogenes and Escherichia coli O157:H7 cultivated in gel matrices
Cédric Saint Martin , Maud Darsonval , Marina Grégoire , Nelly Caccia , Lucas Midoux , Sophie Berland , Sabine Leroy , Florence Dubois-Brissonnet , Mickaël M. Desvaux , Romain Briandet
Production scientifique depuis 2019
- Forme galénique à base de pulpe de baobab, procédés de préparation et utilisations - 2021
- Modèle dynamique d'étude in vitro de la perméabilité intestinale d'une molécule d'intérêt couplé en continu à un dispositif de dissolution ou de digestion - 2022