Publié le 11 juin 2026 – Mis à jour le 15 juin 2026
Figures © Grégory JUBELIN
Figures © Grégory JUBELIN

L'UMR454 MEDIS vient de publier une nouvelle étude dans le journal "Current Research in Microbial Sciences" qui démontre l'existence de capacités métaboliques différentielles entre souches d'Escherichia coli isolées d'individus sains ou atteints de la maladie de Crohn. En particulier, les souches issues de patients Crohn sont capables de consommer l'énantiomère D de l'acide aminé sérine grâce à un réarrangement génétique dans leur chromosome. Cette fonction leur confère un avantage nutritionnel compétitif vis-à-vis d'autres souches du microbiote intestinal et pourrait ainsi contribuer à la prolifération de cette espèce bactérienne dans le tractus digestif des patients, un phénomène associé au développement de la pathologie.


L'expansion des bactérie de la famille des Enterobacteriaceae, et notamment d'Escherichia coli, constitue une caractéristique fréquente des états de dysbiose intestinale observés dans diverses maladies inflammatoires, dont la maladie de Crohn. Les mécanismes expliquant cette prolifération restent cependant mal caractérisés. Cette étude explore l'hypothèse selon laquelle certaines souches d'E. coli possèdent des capacités métaboliques spécifiques leur conférant un avantage compétitif dans l'environnement intestinal altéré des patients atteints de la maladie de Crohn.

A travers une comparaison des profils métaboliques, l'étude révèle que les souches d'E. coli issues des patients atteints de la maladie de Crohn présentent des différences métaboliques marquées, en particulier concernant l'utilisation de l'acide aminé D-sérine. Cette capacité est directement liée à la présence du locus génétique dsdCXA, codant les enzymes impliquées dans le transport et le catabolisme de la D-sérine. Les résultats suggèrent que la D-sérine constitue non seulement une ressource nutritive pour les bactéries capables de la métaboliser, mais exerce également un effet inhibiteur sur les souches dépourvues de cette voie métabolique, renforçant ainsi l'avantage compétitif des bactéries dsd⁺.

Cette étude apporte ainsi des arguments expérimentaux en faveur de l'idée que la composition métabolique du milieu intestinal contribue à sélectionner certaines populations d'E. coli au cours de la dysbiose. Plus largement, elle souligne que l'exploitation de nutriments spécifiques, tels que certains acides aminés, peut constituer un déterminant majeur de l'expansion des Enterobacteriaceae dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin.

Ces travaux ouvrent de nouvelles perspectives pour comprendre les mécanismes écologiques qui façonnent le microbiote intestinal et pourraient, à terme, conduire au développement de stratégies thérapeutiques visant à limiter la prolifération de souches opportunistes en ciblant leurs voies métaboliques spécifiques.
 
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D-serine metabolism enhances Escherichia coli fitness in the gut and could contribute to Enterobacteriaceae expansion in Crohn's disease patients. Moreira de Gouveia MI, Blanchot A, Garrivier A, Daniel J, Nguyen AL, Messager A, Bernalier-Donadille A, Jubelin G. Curr Res Microb Sci. 2026 Mar 23;10:100585. doi: 10.1016/j.crmicr.2026.100585.


 
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