Laboratoire de Génétique, Diversité, Écophysiologie des Céréales

UMR 1095 / UCA
- Adresse :
- Site Crouël
5, Chemin de Beaulieu
63039 CLERMONT-FERRAND
- Tél :
- + 33 4 43 76 15 34
- Sur Internet :
- www6.clermont.inrae.fr/umr1095/
- Adresse :
- Campus Universitaire des Cézeaux
TSA 60026
1, Impasse Amélie Murat
63178 AUBIERE
- Tél :
- + 33 4 43 76 15 34
- Sur Internet :
- www6.clermont.inrae.fr/umr1095/
Responsables
- Directeur de laboratoire
- Jerome SALSE
- Gestionnaire d'unité
- Lucie SAVOCA lucie.savoca@uca.fr
Composition équipe ( effectif total : 102 )
- BONHOMME Ludovic -
- BOUDET Julie -
- MARLIAC Gaelle -
- MOUZEYAR Said -
- PIQUET Agnes -
- ROCHE EYHERAGUIBEL Jane -
- ALLARD Vincent -
- BLANCON Justin -
- BOUCHET Sophie -
- CHARMET Gilles -
- CIVAN Peter -
- LANGIN Thierry -
- LE GOUIS Jacques -
- LECARPENTIER Christophe -
- SAINTENAC Cyrille -
- SALSE Jerome -
- SOURDILLE Pierre -
- BALFOURIER Francois -
- BARRET Pierre -
- BLANCHET Guillaume -
- BOUGUENNEC Annaig -
- CHOULET Frederic -
- GIROUSSE Christine -
- LEROY Philippe -
- OURY Francois Xavier -
- PONCET Charles -
- RAVEL Catherine -
- THAUVIN Jean Noel -
- BANCEL Emmanuelle -
- BELMONTE Elodie -
- BRUN Lea -
- DEBITON Clement -
- DHANASEKARAN Padmapriya -
- LASSERRE ZUBER Pauline -
- LELOUP Fabien -
- LEON Claire -
- NADAUD Isabelle -
- PONT Caroline -
- RANOUX Marion -
- RIMBERT Helene -
- DOU Samir -
- ALVAREZ David -
- BARDY Lionel -
- BENEDIT Stephane -
- BERNARD Stephane -
- BERNARD Nathalie -
- BLANC Richard -
- BOYER Delphine -
- BRESSON Amelie -
- CALVAYRAC Catherine -
- CAMBON Florence -
- CARRIAS DELOCHE Marion -
- CHAREF Bouzid -
- CHARMET Jean Francois -
- CONFOLENT Carole -
- CORMIER David -
- COSTON Amelie -
- DARDEVET Mireille -
- DUPUITS Celine -
- EXBRAYAT VINSON Florence -
- FAYE Annie -
- GATEAU Isabelle -
- GAUTIER Veronique -
- GEORGES Ludovic -
- GIROUD Raphael -
- HUNEAU Cecile -
- JAFFRELO Lydia -
- KITT Jonathan -
- LHOMMET Isabelle -
- LOUSSERT Alain -
- MAGNAUDET Julien -
- MARCON Dominique -
- MARTIGNAC Valerie -
- MAUNY Christine -
- MENECIER Clara -
- MERLINO Marielle -
- PARTIER Anne -
- PERROCHON Sibille -
- PHILIPPE Geraldine -
- RIBEYRE Karine -
- ROUGEOL Severine -
- ROUX Noel -
- SAUVAT Stephane -
- SAVOCA Lucie -
- SOUDIERE Olivier -
- TASSY Caroline -
- TIXIER LEYRE Patricia -
- ADAMIK Larissa -
- AYILALATH Shimlal -
- BANOUH Meriem -
- BORJAS Aldo -
- DHANASEKARAN Padmapriya -
- DUPONT Maxime -
- FREY Caroline -
- KADNER Maxime -
- LAUGEROTTE Julie -
- LAVOIGNAT Melanie -
- MAGLIARASCHI Ninon -
- MARDOC Emile -
- PAPON Nathan -
- SIGURET Clea -
- SIMON Lena -
Equipes
- Génétique et Recombinaison (GeCO) , Pierre SOURDILLE
- Centre de Ressources Biologiques (CRB) , Francois BALFOURIER
- Cultures des Plantes en Conditions Contrôlées (CPCC) , Stephane BERNARD
- Diversité et Génomes (DiGen) , Etienne PAUX
- La Variance comme source de Stabilité (VISTA) , Vincent ALLARD
- Maladies des céréales (MDC) , Thierry LANGIN
- Paléogénomique et Evolution (PaléoEvo) , Jerome SALSE
- Plateforme de Bioinformatique (BIOINFO) , Frederic CHOULET
- Plateforme de Transgénèse du Blé (ValFon) , Pierre BARRET
- Plateforme de séquençage et genotypage (Gentyane) , Charles PONCET
- Qualité des grains (QualiGrain) , Jacques LE GOUIS
Thèmes de Recherche
L’Unité Mixte de Recherche Génétique Diversité Ecophysiologie des Céréales (UMR 1095 GDEC) associe l’INRAE (Départements scientifiques BAP, AgroEnv, SPE, Centre Clermont Auvergne – Rhône-Alpes) et l’Université Clermont-Auvergne (UFR de Biologie, Collegium « Sciences de la Vie, Santé, Environnement »). Localisée sur le site Inrae de Crouël (Clermont-Fd) et sur le Campus Universitaire des Cézeaux (Aubière), elle compte 80 permanents (68 Inra, 8 UCA, 3 VAS, 1 CNRS) et 30 à 40 non permanents (Doctorants, Post-Doctorants, CDD, visiteurs). Elle est rattachée à l’Ecole Doctorale 65 Sciences de la Vie, Santé, Agronomie, Environnement, et impliquée dans différentes formations, dont le Master de Biologie Végétale Plant Integrative Biology & Breeding (PIBB) et le Master de Microbiologie.
Les projets, développés au sein de 6 équipes de recherche aux thématiques interconnectées, sont focalisés sur le blé tendre, espèce modèle et d’importance agronomique (2ème céréale au niveau mondial). A l’interface entre recherche fondamentale et recherche finalisée, leur objectif commun est l’amélioration de la qualité et du rendement du blé dans un contexte de transition agroécologique et de changements climatiques, avec comme principaux objectifs : (1) Progresser dans la connaissance de la structure, de l’organisation, du fonctionnement et de l’évolution du génome du blé tendre, comprendre la genèse de nouvelles fonctions et/ou l’évolution de fonctions conservées spécifiques au cours de l’histoire évolutive du blé et plus largement des céréales. (2) Décrypter et modéliser les mécanismes moléculaires et physiologiques impliqués dans le contrôle de caractères agronomiques importants tels que rendement, qualité du grain et résistance/tolérance à des stress biotiques (maladies) ou abiotiques (déficience en azote, en soufre, changements climatiques, …). (3) Analyser et valoriser les ressources génétiques, (4) Contribuer au développement de nouveaux outils et méthodes de sélection (Sélection génomique), et intégrer les connaissances acquises dans des modèles pour améliorer l’efficacité de la sélection variétale. Ces projets s’inscrivent dans les objectifs du Challenge 1 « Concevoir et piloter des agroécosystèmes durables dans un contexte de changement global » du projet I-SITE Clermont CAP 20-25.
L’UMR GDEC dispose d’infrastructures expérimentales dotées des équipements les plus récents : Plateforme Stratégique Nationale Gentyane (Séquençage et génotypage haut débit), Plateforme de Validation Fonctionnelle (transgénèse blés, collections de mutants, Genome Editing), Plateforme de production de matériel végétal en conditions contrôlées (enceintes et chambres climatiques, 1300 m2 de serres conventionnelles, 1000 m2 de serres S2), Centre de Ressources Biologiques Céréales à paille (~27000 accessions), Plateforme de Bioinformatique, Service d’Appui (gestion administrative, financière, RH). Les expérimentations en plein champ sont réalisées en collaboration avec l’Unité Expérimentale INRAE PHACC, l’UMR et l’UE assurant la gestion de la Plateforme de Phénotypage haut débit Pheno3C, qui permet l’étude en condition de plein champ des interactions génotype x environnement, et de tester l’impact de paramètres clefs du changement climatique (stress hydrique, [CO2] atmosphérique).
Considérée aujourd’hui comme un leader incontournable en génomique et génétique des céréales au niveau international, l’UMR GDEC a développé un réseau très dense de collaborations avec des partenaires académiques et privés.
Publications ( HAL )
- Comparison of genomic-enabled cross selection criteria for the improvement of inbred line breeding populations
Alice Danguy Des Déserts , Nicolas Durand , Bertrand Servin , Ellen Goudemand-Dugué , Jean-Marc Alliot , Daniel Ruiz , Gilles Charmet , Jean-Michel Elsen , Sophie Bouchet - Barley systematics and taxonomy foreseen by seed morphometric variation
Angèle Jeanty , Laurent Bouby , Vincent Bonhomme , François Balfourier , Clément Debiton , Camille Dham , Sarah Ivorra , Jérôme Ros , Allowen Evin - Nurturing niche innovations by agrifood value chains in transition to agroecology. A qualitative analysis through eleven case studies in France
Hadrien Lantremange , Marie-Benoît Magrini , Julien Frayssignes , Laurence Fortun-Lamothe , Pierre-Éric Lauri , Bénédicte Lebret , Jacques Le Gouis , Valérie Lullien-Pellerin , Marie-Odile Nozières-Petit , Veronique Saint-Ges , Clementina Sebillotte , Marc Tchamitchian , Marie Thiollet-Scholtus , Patrice This - Long-read and chromosome-scale assembly of the hexaploid wheat genome achieves high resolution for research and breeding
Jean-Marc Aury , Stefan Engelen , Benjamin Istace , Cécile Monat , Pauline Lasserre-Zuber , Caroline Belser , Corinne Cruaud , Hélène Rimbert , Philippe Leroy , Sandrine Arribat , Isabelle Dufau , Arnaud Bellec , David Grimbichler , Nathan Papon , Etienne Paux , Marion Ranoux , Adriana Alberti , Patrick Wincker , Frédéric Choulet - The genomics of linkage drag in inbred lines of sunflower
Kaichi Huang , Mojtaba Jahani , Jérôme Gouzy , Alexandra Legendre , Sébastien Carrere , José Miguel Lázaro-Guevara , Eric Gerardo González Segovia , Marco Todesco , Baptiste Mayjonade , Nathalie Rodde , Stéphane Cauet , Isabelle Dufau , S. Evan Staton , Nicolas Pouilly , Marie-Claude Boniface , Camille Tapy , Brigitte Mangin , Alexandra Duhnen , Véronique Gautier , Charles Poncet - Wheat DOF transcription factors TaSAD and WPBF regulate glutenin gene expression in cooperation with SPA
Marielle Merlino , Jean-Charles Gaudin , Mireille Dardevet , Pierre Martre , Catherine Ravel , Julie Boudet - Comparison of genomic-enabled cross selection criteria for the improvement of inbred line breeding populations
Alice Danguy Des Deserts , Nicolas Durand , Bertrand Servin , Ellen Goudemand-Dugué , Jean-Marc Alliot , Daniel Ruiz , Gilles Charmet , Jean-Michel Elsen , Sophie Bouchet - L’adaptation des variétés de blé au changement climatique par la sélection conventionnelle et les biotechnologies
Jacques Le Gouis - Symbiotic Variations among Wheat Genotypes and Detection of Quantitative Trait Loci for Molecular Interaction with Auxin-Producing Azospirillum PGPR
Jordan Valente , Florence Gerin , Agathe Mini , Rohan Richard , Jacques Le Gouis , Claire Prigent-Combaret , Yvan Moënne-Loccoz - Effet du changement climatique sur la concentration et la composition en protéines du grain de blé tendre - Perspectives pour la sélection variétale
Jacques Le Gouis , Catherine Ravel