- Structure(s) de rattachement
- Durée de la formation
-
- 2 ans
- Formation continue
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- Diplômante
- Lieu(x) de la formation
-
- Aubière
- Langues d'enseignement
-
- Français
- Anglais
Master Bio-informatique
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5 impasse Amélie MuratTSA 60026 CS 6002663178 Aubière cedex
Détails
Publié le 17 November 2020
Présentation
Le master mention Bioinformatique est une formation en 2 ans orientée vers l'analyse et le traitement de données biologiques.
La première année est dédiée à l'acquisition des fondamentaux en biologie, informatique et statistiques, ainsi que la maîtrise des outils et des méthodes de la bioinformatique.
La seconde année permet une spécialisation dans l'intégration et le traitement de gros volumes de données.
Ce master est constitué d'un unique parcours "Analyse et Modélisation des données", mais présente des mutualisations avec les masters mentions Biologie-Santé, Microbiologie, Biologie végétale, Informatique et Mathématiques appliquées et Statistiques.
Les enseignements disciplinaires fondamentaux sont assurés par des enseignants et intervenants du monde socio-professionnel experts des domaines de la bioinformatique, génomique et post-génomique. Les UE optionnelles sont proposées par les différentes mentions partenaires.
Cette organisation permet aux étudiants une immersion dans des environnements disciplinaires spécifiques (biologie / informatique / mathématique) et la garantie d'un enseignement assuré par des spécialistes dans chacune des disciplines abordées.
La première année est dédiée à l'acquisition des fondamentaux en biologie, informatique et statistiques, ainsi que la maîtrise des outils et des méthodes de la bioinformatique.
La seconde année permet une spécialisation dans l'intégration et le traitement de gros volumes de données.
Ce master est constitué d'un unique parcours "Analyse et Modélisation des données", mais présente des mutualisations avec les masters mentions Biologie-Santé, Microbiologie, Biologie végétale, Informatique et Mathématiques appliquées et Statistiques.
Les enseignements disciplinaires fondamentaux sont assurés par des enseignants et intervenants du monde socio-professionnel experts des domaines de la bioinformatique, génomique et post-génomique. Les UE optionnelles sont proposées par les différentes mentions partenaires.
Cette organisation permet aux étudiants une immersion dans des environnements disciplinaires spécifiques (biologie / informatique / mathématique) et la garantie d'un enseignement assuré par des spécialistes dans chacune des disciplines abordées.
Enjeux
Le master mention Bioinformatique de l'Université Clermont Auvergne a pour objectif de former des biologistes à l'interface biologie / informatique / statistique. Les personnes ainsi formées seront capables de dialoguer avec informaticiens et biologistes pour accompagner ces derniers dans l'exploration de données biologiques dans un contexte de haut débit en utilisant des ressources de calcul adaptées.
Ainsi la formation dispensée dans le master vise à l'acquisition de compétences en manipulation, traitement et analyse de données massives en sciences de la vie, incluant l’acquisition des connaissances fondamentales et des compétences opérationnelles liées à l’interprétation de ce type de données, à travers des enseignements de biologie, de bioinformatique, d’informatique et de statistiques disciplinaires et / ou appliqués à la biologie.
Ce master se distingue par un couplage fort entre biologie et informatique orienté vers le développement de Web-services et l’usage de ressources de calcul distribuées notamment pour le traitement de données de NGS.Le master mention bioinformatique forme ainsi aux métiers de l’ingénierie d'étude (ingénieur d'étude, chargé d'étude, chargé de mission) en analyse de données biologiques, modélisation, gestion des données, ingénieurie en recherche et développement en cycle de formation +5.
l offre également la possibilité de poursuivre en doctorat dans le domaine de sciences de la vie, agronomique, environnement, santé et dans une moindre mesure en sciences pour l'ingénieur sur des aspects d'analyse de données à haut débit et de modélisation des systèmes biologiques.
génétique, physiologie, microbiologie, biologie végétale, agronomie, santé, environnement
Ainsi la formation dispensée dans le master vise à l'acquisition de compétences en manipulation, traitement et analyse de données massives en sciences de la vie, incluant l’acquisition des connaissances fondamentales et des compétences opérationnelles liées à l’interprétation de ce type de données, à travers des enseignements de biologie, de bioinformatique, d’informatique et de statistiques disciplinaires et / ou appliqués à la biologie.
Ce master se distingue par un couplage fort entre biologie et informatique orienté vers le développement de Web-services et l’usage de ressources de calcul distribuées notamment pour le traitement de données de NGS.Le master mention bioinformatique forme ainsi aux métiers de l’ingénierie d'étude (ingénieur d'étude, chargé d'étude, chargé de mission) en analyse de données biologiques, modélisation, gestion des données, ingénieurie en recherche et développement en cycle de formation +5.
l offre également la possibilité de poursuivre en doctorat dans le domaine de sciences de la vie, agronomique, environnement, santé et dans une moindre mesure en sciences pour l'ingénieur sur des aspects d'analyse de données à haut débit et de modélisation des systèmes biologiques.
Mots clés :
Bio-informatique, génomique, post-génomique, biologie intégrative, big-datagénétique, physiologie, microbiologie, biologie végétale, agronomie, santé, environnement
Spécificités
Une formation pluri-disciplinaire pour une vision intégrée des systèmes biologiquesDes compétences bio-informatique au service de la santé, de l'agronomie et de l'environnement
Plus d’infos sur la bioinfo :
État de l’emploi bioinformatique en France :analyse des offres de la SFBI : http://bioinfo-fr.net/etat-de-lemploi-bioinformatique-en-france-analyse-des-offres-de-la-sfbiSFBI : https://www.sfbi.fr/Bioinfo-fr.net : http://bioinfo-fr.net/Bioinformations : http://www.bioinformations.fr/
Plus d’infos sur la bioinfo :
État de l’emploi bioinformatique en France :analyse des offres de la SFBI : http://bioinfo-fr.net/etat-de-lemploi-bioinformatique-en-france-analyse-des-offres-de-la-sfbiSFBI : https://www.sfbi.fr/Bioinfo-fr.net : http://bioinfo-fr.net/Bioinformations : http://www.bioinformations.fr/
Lieux
Aubière
Responsable(s) de la formation
- M. Christophe TATOUT
Partenariats
Laboratoires
Un master en partenariat avec les laboratoires CNRS, INRA, INSERM, de l'UCA et du CHU. Mots clés : linux, shell, python, programmation sous R, bases de données, SQL, web services, clusters de calcul, fouille de données
Partenariat avec la plateforme Auvergne Bio-Informatique - AuBi
Admission
-
Niveau(x) de recrutement
Baccalauréat +3 -
Conditions d'admission / Modalités de sélection
Contact Master : scola.master.pac@uca.frCandidature en M1 :
Capacités d'accueil et modalités d'admission : http://www.uca.fr/formation/candidature-et-inscription/
Candidature en ligne sur e-candidat https://ecandidat.uca.fr/#!accueilView
Les personnes souhaitant reprendre leur études après une expérience professionnelle peuvent faire une demande d'équivalence de diplôme (eg. VAE).
Programme
Les informations ci-dessous sont données à titre indicatif et peuvent faire l'objet de mises à jour.-
- Master 1 Bio-informatique
-
Semestre 1
-
-
Agorithmique et programmation en Pyton
6 crédits
-
Analyse du protéome et du métabolome
3 crédits
-
Anglais
3 crédits
-
Bioanalyse en Génomique et Transcriptomique
3 crédits
-
Biostatistiques 1
3 crédits
-
Bases de données
3 crédits
-
Fondamentaux de Bio-info & Info pour la bio intégrative
6 crédits
-
-
Control of gene expression
3 crédits
-
Génomes microbiens : organisation structurale et fonctionnel
3 crédits
-
-
-
-
Algorithmes Bio-informatiques
3 crédits
-
Biostatistiques 2
3 crédits
-
Gestion de projet et valorisation
3 crédits
-
Génomique Comparative
3 crédits
-
Traitements de données à haut débit
3 crédits
-
-
-
Génomique des communautés microbiennes et bioanalyse
6 crédits
-
-
-
-
Image processing
-
Microscopy-image storage
-
-
Epigenetic Regulations
3 crédits
-
-
-
-
-
Stage Master1
9 crédits
-
-
- Master 2 Analyse et modélisation des données
-
Semestre 3
-
-
Anglais
3 crédits
-
Calculs parallèles et programmation GPU
3 crédits
-
Fouilles de données
3 crédits
-
Modèles de graphes et réseaux biologiques
3 crédits
-
Omiques intégratives EC1
6 crédits
-
Veille scientifique et technologique
6 crédits
-
-
Analyse de données médicales et Deep Learning
3 crédits
-
Apprentissage et Deep Learning
3 crédits
-
Dynamique des populations microbiennes 2
3 crédits
-
Environnement, droit, innovation pour la Santé
3 crédits
-
Quantitative genetics and Genomic selection
3 crédits
-
Stratégies d’Analyse Intégrée des Génomes
3 crédits
-
-
-
-
Stage Master 2
30 crédits
-
-
-
En région Auvergne-Rhône-Alpes, en France ou à l'étranger, en entreprise ou laboratoire de recherche, ils sont au nombre de deux :
- un stage de 2 mois minimum en 1ère année
- un stage de 6 mois en 2ème année
La recherche de stage est considérée comme une démarche professionnalisante car elle permet à l'étudiant de positionner son projet professionnel dans un contexte socio-économique réel.
La recherche active de stage et la conception d'outils de communication (CV, lettre de motivation) participent à la préparation de l'étudiant à son insertion dans le monde du travail. Cela permet également à l'étudiant de cibler des sujets de stages au plus près de ses préoccupations, en accord avec l'équipe pédagogique du master. -
Jusqu'à 11,7 % de leur formation en anglais
Organisation pédagogique des langues étrangères
Et après ?
Niveau de sortie
Année post-bac de sortie
Bac +5Niveau de sortie
Niveau 7 : MasterCompétences visées
Activités visées / compétences attestées
Compétences disciplinaires essentielles :
- Concevoir et mettre en œuvre le traitement et l'analyse de données de génomique et post génomique à haut débit
- Développer un environnement de travail (bio)informatique pour la gestion, l'organisation et le traitement de gros volumes de données (choix des outils, développement de chaînes de traitements)
- Concevoir et mettre en œuvre les outils informatiques permettant d'organiser, de synthétiser et de visualiser les informations issues de données biologiques hétérogènes
- Être à l'interface entre les biologistes et les personnes ressources en informatique
- Développer un regard critique vis à vis des méthodes et des résultats
- Accompagner le biologiste dans l'interprétation et la synthèse des résultats de traitements bioinformatiques au regard des questions biologiques posées
- Produire et analyser un document scientifique.
Poursuites d'études
Le master mention bioinformatique forme aux métiers de l’ingénierie d'étude, recherche et développement en cycle de formation +5 et offre aux étudiants la possibilité de poursuivre en doctorat dans les domaines de sciences de la vie, agronomique, environnement, santé et dans une moindre mesure en sciences pour l'ingénieur sur des aspects de modélisation des systèmes d'informations biologiques par exemple.
Débouchés professionnels
Secteurs d'activité
- Services à la personne et à la collectivité
- Industrie
Métier(s)
- Expertise et support en systèmes d'information
- Administration de systèmes d'information
- Études et développement informatique
- Recherche en sciences de l'univers, de la matière et du vivant
- Management et ingénierie études, recherche et développement industriel
Secteurs d'activité ou type d'emploi
Le master mention bioinformatique forme aux métiers de l’ingénierie d'étude (ingénieur d'étude, chargé d'étude, chargé de mission) en analyse de données biologiques, modélisation, gestion des données, ingénieur en recherche et développement en cycle de formation +5 dans le domaine de sciences de la vie, agronomique, environnement, santé et dans une moindre mesure en sciences pour l'ingénieur sur des aspects d'analyse de données à haut débit et de modélisation des systèmes biologiques.Industries , R&D
- Entreprises de l’agroalimentaire (e.g. Limagrain, biogemma, Bayer Crop Sc.)
- Entreprises pharmaceutiques (e.g. Sanofi, Pasteur)
Insertion professionnelle
Métiers accessibles aux diplômés du master (intitulés et codes ROME).
Et selon les choix d'options opérés par les étudiants :
- H1206 Management et ingénierie étude, recherche et développement industriel
- K2402 Recherche en sciences de l'univers, de la matière et du vivant
- K2108 Enseignement supérieur
Et selon les choix d'options opérés par les étudiants :
- M1810 Production et exploitation de systèmes d'informations
- M1805 Études et développement informatique